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ホーム > 製品情報 > 【サービス】 Dovetail Genomics社 ヒトゲノム構造解析受託サービス

Dovetail Genomics社 ヒトゲノム構造解析受託サービス

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3D Genome & SV Profiling!

初めに

  • Dovetail Genomicsでは、Proximity Ligationを応用したゲノムアセンブリと、ヒトゲノム構造解析を行う、ゲノミクス専門の受託サービスを展開しています。
  • ヒトゲノム構造解析受託サービスでは、Proximity Ligationにより、FFPEを含むすべてのサンプルからメガベースレンジのゲノム情報を生成し、これまでは不可能だった大規模で複雑な構造多型の検出と解析を行うことが可能です。

Dovetail Genomicsのヒトゲノム構造解析

  • Proximity Ligationによるゲノム構造解析に数多くの実績があります。
  • 新鮮なサンプル用のDovetail™ Hi-Cと、FFPE用のFix-C™はどちらも、数百bpsからMbpsのサイズでDNAを再配列することができます。
  • Selva™解析では、大規模で複雑な構造多型を、高い信頼性で検出し、グラフィカルに解析することができます。

Fix-C™ / Dovetail™ Hi-Cから Selva™解析までのワークフロー

新鮮なサンプルとFFPEサンプルのコンタクトマップの比較

  • 乳がん腫瘍の新鮮なサンプルとFFPEサンプルを、Dovetail™ Hi-CまたはFix-C™でそれぞれ処理したのち、シーケンシングし、Selva™ソフトウェアで解析した結果、検出された第17番染色体内の構造多型を示しています。

Fix-C™およびSelva™とFISHの比較

  • Fix-C™およびSelva™を検証するために、腫瘍率が異なる、複数のがんのタイプのFISH結果をもつ、12のFFPE腫瘍サンプルを用いて解析を行いました。
  • サンプルNo.1では、FISHで検出されたALK+をSelva™はコールしませんでしたが、Targeted DNA/RNAシークエンスによる追加検証で、Selva™のエラーネガティブコールではなく、FISHのエラーポジティブコールであったことが判明しました。
  • サンプルNo.7では、Selva™はFISHによって検出できなかったROS融合、MYO5C-ROS1をコールしました。
サンプルNo. 由来 腫瘍率 (%) FISH融合コール Selva™コール 追加検証結果
1 肺腺がん 20 ALK+ ALK (-) FISHエラーポジティブ
2 腺様嚢胞がん 50 MYB+ EWSR1-MYB 検証済
3 円形細胞型脂肪肉腫 90 FUS+ DDIT3-FUS 検証済
4 骨格外粘液軟骨肉腫 60 EWSR1+ EWSR1-NR4A3 検証済
5 滑膜肉腫 90 SS18+ PAOX-SS18
SS18-22X2B
検証済
6 乳腺相似分泌がん 30 ETV6+ ETV6-NTRK3 検証済
7 肺腺がん 50 ROS (-) MYO5C-ROS1 FISHエラーネガティブ
8 肺腺がん 60 RET (-) RET (-) 検証済
9 血管腫性線維性組織球腫 30 EWSR1+ EWSR1-CREB1 検証済
10 炎症性筋線維芽細胞腫 20 ALK+ CLTC-ALK 検証済
11 腺様嚢胞がん 80 MYB+ MYB-NFIB 検証済
12 滑膜肉腫 80 SS18+ SS18-SSX2B FISHのみ検証済

3タイプのサービスとキット Fix-C™/ Dovetail™ Hi-C, Selva™

大規模かつ複雑な構造多型を検出して解析するためには、ブレイクポイントをカバーするゲノム情報と、リファレンスゲノム内でそれらを正確に整列させる必要があります。
FFPEはその保存過程で、DNAが破壊され、インサートのサイズが大きく減少するため、ショートリードシーケンシングでは、大規模な構造多型を検出して解析することは不可能です。
Dovetail Genomics社のFix-C™とDovetail™ Hi-Cならばそれが可能です!
最新のスキャフォルド技術を使ったゲノム構造解析で数多くの実績を持つDovetail Genomics社の受託サービスにお任せください!
お客様のニーズに合わせ、3つのサービスとキットをそろえています。

  1. 1. Fix-C™ 受託サービス
  2. 2. Dovetail™ Hi-C受託サービス
  3. 3. Dovetail™ Hi-Cキット(+Selva解析)

1と2では、お客様はサンプルを送付するだけで、ライブラリ作成、シークエンス、Selvaによるゲノム構造解析までを全て受託で行います。
3では、ご自身でライブラリ作成、シークエンスを行うことができます。Hi-Cキットには必要な試薬が含まれています。読んだシークエンスデータをDovetailサーバにアップロードし、 Selvaによる構造多型の検出を行うオプションもあります。

Dovetail受託サービス・オプション

1. Fix-C™ 受託サービス

含まれるサービス内容

  • サンプルQC
  • Fix-Cライブラリ作成
  • Fix-CライブラリQC
  • Fix-Cライブラリシークエンス
  • Selva™による構造多型検出
  • 結果レポート

2. Dovetail™ Hi-C受託サービス

含まれるサービス内容

  • サンプルQC
  • Hi-Cライブラリ作成
  • Hi-CライブラリQC
  • Hi-Cライブラリシークエンス
  • Selva™による構造多型検出
  • 結果レポート

3. Dovetail™ Hi-C ライブラリ作成キット(+Selva™解析)

含まれるサービス内容

  • Hi-Cライブラリ作成キット(追加オプション:Selva™解析)
  • シークエンスはお客様が行います
  • Selva™解析:シークエンス後のデータから、Dovetail社がSelva™を用いて構造多型を検出し、解析レポート・解析後のFASTQファイルをご提供します。

Selva™解析による大規模かつ複雑な構造多型の検出

  • Selva™は、 Proximity Ligationにより作成されたライブラリから、大規模かつ複雑な構造多型を検出し、インタラクティブなビューアで、グラフィカルに解析することができます。

各種情報

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