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ホーム > 製品情報 > 【機器】 超高速NGSデータ解析サーバー DRAGEN Bio-IT Processor

超高速NGSデータ解析サーバー DRAGEN Bio-IT Processor

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DRAGEN Bio-IT Processor 概要

DRAGEN Bio-IT Processor は次世代シークエンサーから得られる膨大なシークエンスデータを高速に解析することができます。半導体チップ上にパイプラインが構築されており、それを搭載したDRAGENサーバーを用いることで、30xカバレッジのヒト全ゲノム解析を、わずか20分で完了させることが出来ます。

DRAGEN Bio-IT Processor 概要

特徴

  • ・ハードウェア(FPGA)上に直接パイプラインを構築しているため、超高速に解析可能
  • ・独自に開発されたパイプラインにより、“BWA+GATK-HC”パイプラインより高精度な変異検出を実現 (GATKも利用可能)
  • ・ヒト全ゲノム解析パイプラインをご提供(ヒト以外の生物種、RNA-seq、エピゲノム解析パイプラインも提供予定)
  • ・MiSeq から HiSeq X Ten までの出力データに対応
  • ・コマンドラインで操作 (GUIポータルも提供予定)、60以上のパラメータによる調整が可能

変異の検出精度

Test data: SRA056922 (NA12878) WGS @ 30x Coverage

解析速度の比較
Pipeline DRAGEN
GP 1.3
BWA-MEM 0.7.9a/
GATK-HC 3.1.1
Decompress 9m 45s 18m 23s
Map/Align 4h 18m 37s
Sort/Dedup 10m 12s
Compress
Variant Call 4h 24m
Total 19m 57s 9h 1m
変異検出結果の比較
Pipeline SNP TP SNP FP INDEL TP INDEL FP
DRAGEN GP 1.3 2,894,211 18,889 366,729 58,661
BWA-MEM 0.7.9a/
GATK-HC 3.1.1
2,895,434 22,030 364,932 59,927
  • ・10億ペアエンドリード, 1リードあたり101bp
  • ・平均のペア間距離 410bp ± 14bp
  • ・12-core Intel Xeon 2.7 GHz CPUs with hyper-threading を用いて実行

DRAGENサーバーを用いることにより、解析速度が約27倍高速化し、SNP/INDELの偽陽性(FP)の数も減少します。 (上記テストデータを使用した場合)

データ形式

  • ・入力ファイル形式 : FASTQ、BCL
  • ・出力ファイル形式 : VCF、bam

生物種

  • ・ヒト hg19 及び GRCh37 がプリインストール済み
  • ・ヒト以外のリファレンスも追加可能

販売形式

DRAGEN Bio-IT Processor を搭載した以下のスペックのサーバーを販売

OS CentOS
CPU Dual Intel Xeon E5-2690V3 2.6GHz
メモリ 128 GB
ストレージ PCIe NVME 3.2TB

論文実績

Genome Medicine誌にDragenに関する論文が発表されました。(2015/9/30)
A 26-hour system of highly sensitive whole genome sequencing for emergency management of genetic diseases

海外導入実績

  • ・ハーバード大学
  • ・スタンフォード大学
  • ・Children’s Mercy Hospital of Kansas City
  • ・シーケノム社
  • ・パーキンエルマー社
  • ・ハドソンアルファ研究所

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