FCSデータ解析ソフト「FLOWJO」 | トミーデジタルバイオロジー株式会社


パスウェイ解析IPA	一分子リアルタイムDNAシーケンサーPacBio RS	標識抗体・試薬BioLegend
マイクロアレイデータ解析GeneSpring GX	細胞自動カウント・生死判別Cellometer（セロメーター）	DNA精製キットPrinceton（プリンストン）
フローサイトメトリーデータ解析FlowJo	3次元培養Synthecon（シンセコン）	エンドペプチターゼPrinceton（プリンストン）
FCSデータ解析・共有ソフトウェアCytobank	微小電気信号検出・解析Alpha Omega（アルファオメガ）	BAC DNA 抽出キットPrinceton（プリンストン）
Exon アレイデータ解析XRAY	モンキーチェア / レコーディングチャンバー etc.Crist（クリスト）	si/miRNA 試薬・RNAi研究用試薬Genolution
オリゴプローブモデリングVisual OMP

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FCSデータ解析ソフト　「FLOWJO」の特徴

FlowJoではすべてのフローサイトメーターによって取得されたFCSデータ形式に対応し、ドラッグ＆ドロップによる簡単な操作でデータの取り込みが可能です。FlowJoはWindows、MacいずれのOSでも使用可能です。本ページに掲載の基本解析機能はWindows、MacいずれのバージョンのFlowJoでも使用できます。
FlowJoではさまざまな表示機能、ゲーティングツールを用いて、サブセットの作成を容易に行うことが出来ます。
また、各サブセット等の統計計算も行えます。

FlowJoではグラフと同様に、統計計算の結果もExcel等に表示が可能です。これにより統計計算結果のわずらわしい手入力から解放されます。

■FlowJo内で表示したテーブル

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■Excel内に表示したテーブル

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ドラッグ&ドロップ操作で、ワークスペース内のサンプルにゲーティングや統計計算といった既存の分析を適用することが出来ます。これにより、分析に費やす時間と手間の大幅な削減をもたらします。
右図はワークスペース内でコントロールサンプルに対して行った分析を他のサンプルに適用しているものです。

■FlowJo内で表示したテーブル

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FlowJoではソフトウェアコンペンセイション機能が搭載されています。ソフトウェアコンペンセイションに必要なのは通常のコンペンセイション同様に各単染色のサンプルだけです。コンペンセイションを定義するのが困難なサンプルや、コンペンセイションの補正を行いたい際に威力を発揮します。また、ソフトウェアコンペンセイションをしたサンプルの軸を変更し、負のパラメータを表示可能にするBiExponential Transformation機能も搭載されています。下図はコンペンセイション前後のグラフを比較したものです。

■コンペンセイション前

■コンペンセイション後

■BiExponential Transformation後

FlowJoでは作成したグラフをレイアウトエディターに表示し、整頓することが可能です。また、レイアウトエディター内で「バッチ」処理を行うことにより、ベースとするレイアウトを1サンプル分作成することで、クリック１つで多くのサンプルに同じ処理を適用することが可能です。これによって、膨大なデータの解析や資料の作成を容易に行うことが出来ます。
下図はバッチ処理を利用したレイアウト作成の一例です。

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レイアウトエディターで作成したグラフはPowerPoint等に表示することが可能です。PowerPoint等に表示したグラフは一枚絵ではなくグループ化された集団として認識され、グループ解除をすることで、フォントの変更などこれまでは不可能であった詳細な表示形式の変更が可能になります。下図はPowerPoint内に表示した画像です。

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Windows、Mac機能比較表

FlowJo Windows版とMac版では基本分析機能は同様に備わっておりますが、各種拡張分析機能には一部差異があります。

対応データ	解説	Win	Mac
基本分析機能	ゲーティング、レイアウトエディタ、テーブルエディタ、統計計算などの基本分析機能	○	○
Boolean Gate	複数のゲートのand、or、notを作成します	○	○
Derived Paramater	蛍光パラメータを用いた演算が可能です	△	○
Compensation	ソフトウェアコンペンセイションを行います	○	○
BiExponential Transformation	Compensationしたサンプルの軸を変更し、負のパラメータを表示可能にします	○	○
Cell Cycle	細胞周期データを解析します	○	○
2D Cell Cycle	PIとBrdUの2次元で細胞周期データを解析します	○	×
Calibration	標準標識などを基にして蛍光パラメータを補正します	○	○
Kinetics	キネティクスなどの経時反応を解析します	○	○
Proliferation	CFSEなどを用いた細胞世代追跡を解析します	○	○
Backgating	あるゲート内の細胞が上位のゲート階層内のどこに位置するのかを表示します	○	○
Multi-Sample Comparison	複数のサンプル間の差異を検定します	×	○
Poplation Comparison	２つのサンプル間の差異を検定します	×	○
Clustering	類似した特徴を持つサブセットを同定します	×	○
3D plot	３次元のグラフでデータを表示します	○	×
Polyvariate Plot	３つ以上のパラメータを２次元グラフに表示し、複雑なポピュレーション解析に役立ちます	×	○
Plychromatic Plot	パラメータの強度の度合いでグラフの色を設定します	×	○
SciBook	分析途中のデータ等を記録することが可能です	×	○

○：使用可能　△：一部使用可能　×：使用不可

FLOWJOの動作環境

Platform	OS	メモリー	その他
Windows	Windows XP Windows Vista Windows 7	1GB 以上	Java 1.6 以降 USBポート (ドングルライセンスの場合) インターネット環境（シリアル・サイトライセンスの場合）
Mac	MacOS 10.4以降 (推奨10.5以降)	1GB 以上	CPUは、PoweMacG3,4,5,及びIntel USBポート (ドングルライセンスの場合) ネットワーク環境（V8シリアルライセンス、サイトライセンスの場合）
開発元	ツリースター社 URLhttp://www.flowjo.com/