マイクロアレイは、特異性の低さによってはクロスハイブリやミスハイブリが起こる可能性がありますが、Visual OMPを使用してそれらを同時に避けることにより、偽陽性と偽陰性を下げることができます。
Visual OMPを使用して、実際のプローブデザインとターゲット情報でマイクロアレイのパフォーマンスをシミュレートしました。
マイクロアレイは、ロタウイルスの病原耐性の同定を目的に設計したものです。
下図のように、論文の実験データとVisual OMPの結果を比較すると、実際にVisual OMPが病原耐性の違いも検出し、マイクロアレイのパフォーマンスを良く再現していることがわかります。

図左はVisual OMPによるクロスハイブリダイゼーションの計算
図右はVisual OMPで予測した数値とオーバーレイさせた論文掲載マイクロアレイのスキャンイメージ

フォールディング構造をグラフィック化することにより、素早く正確なターゲットの選択が可能になります。下の3つの図は、Visual OMPでRNAのフォールディングを可視化したものです。塩濃度や温度を考慮したRNAのフォールディングをシミュレートできるソフトウェアは他にありません。

左：45℃、1M Na＋条件下の16S rRNA。
中：45℃、0.1M Na＋条件下の16S rRNA。プローブやプライマーがアクセスしやすい二次構造をとっている。
右：60℃、0.1M Na＋条件下の16S rRNA。構造はかなり分解され、プローブが付きやすい大きなループができている。