ミトコンドリアDNAシーケンス - 序論

C. caeruleusを含むアオガラの種はヨーロッパで発見され、C. teneriffaeは北アフリカのカナリア諸島で発見され、C. cyanusはアジアや東ヨーロッパで発見されました。ミトコンドリアDNAデータはこれらの種の系統樹や集団構造を調べるのに使用できます。

ここにあるデータセットはC. caeruleusC. teneriffaeのミトコンドリアDNAコントロール領域由来の34シーケンスで構成されています。シジュウカラ(Parus major)のシーケンスも含まれますが、これは系統樹解析ではアウトグループ(グループ外)になることでしょう。

下記の表は、サンプリングした場所とチュートリアル内のシーケンスのコードです。

CodeSpeciesOrigin
CEHC. teneriffaeCanary Islands - El Hierro
CFUC. teneriffaeCanary Islands - Fuerteventura
CGCC. teneriffaeCanary Islands - Gran Canaria
CLGC. teneriffaeCanary Islands - La Gomera
CLPC. teneriffaeCanary Islands - La Palma
CLAC. teneriffaeCanary Islands - Lanzarote
CTEC. teneriffaeCanary Islands - Tenerife
MCEC. teneriffaeMorocco - Ceuta
ECAC. caeruleusSpain - Cadiz
SREC. caeruleusSweden - Revinge
GBC. caeruleusGreat Britain - Oxford
PmajP. majorSweden - Kvismaren

Exercise 1 続き: ミトコンドリアDNAシーケンスの編集

Exercise 2: 2方向の核シーケンスデータの取り扱い