ミトコンドリアDNAシーケンス - 系統樹

ここまでで、編集されたアラインメントから系統樹を構築する準備ができました。アラインメントを選択し、Treeをクリックします。下図のように設定し、Parus majorシーケンスをアウトグループとして基本的なツリーを構築します。


ツリービューワー右のパネルを使って、ツリーのレイアウトを変更すると、ツリーが下図のように見えるようになります。Show Tip LabelのNamesを選択し、Show Node LabelのDisplayでConsensus Support %を選択します。

シーケンスは2つの大きいグループに分かれます。これはデータセット中の2つのCyanistes属と一致しています。前のページでアラインメントをSaveする際にオリジナルシーケンスへのリンクを保存していた場合、各シーケンスの種やサンプリング場所を見られるDescriptionを表示するように、Tip Labelsを変更することができます。これにより、ツリー状にどのような種やサンプリング場所のクラスターがあるかを簡単に見られるようになります。シーケンスコードは下記の表を参考にして下さい。


CodeSpeciesOrigin
CEHC. teneriffaeCanary Islands - El Hierro
CFUC. teneriffaeCanary Islands - Fuerteventura
CGCC. teneriffaeCanary Islands - Gran Canaria
CLGC. teneriffaeCanary Islands - La Gomera
CLPC. teneriffaeCanary Islands - La Palma
CLAC. teneriffaeCanary Islands - Lanzarote
CTEC. teneriffaeCanary Islands - Tenerife
MCEC. teneriffaeMorocco - Ceuta
ECAC. caeruleusSpain - Cadiz
SREC. caeruleusSweden - Revinge
GBC. caeruleusGreat Britain - Oxford
PmajP. majorSweden - Kvismaren

系統樹の構築や解釈の詳細は、Biomatters社ウェブサイトのPhylogenetic Tree Buildingチュートリアルや、トミーデジタルバイオロジー社ウェブサイトのソフトウェア製品>Geneious>チュートリアル&ケーススタディ>Geneiousケーススタディ_植物DNAの解析 をご参照下さい。


Exercise 2: 2方向の核シーケンスデータの取り扱い