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このチュートリアルではサンガーシーケンスから得られた典型的なシーケンスの生データを用いて、系統樹や塩基の多様性の計算のような下流の解析のために、クロマトグラムをどのように編集・アラインしたら良いかを学びます。このチュートリアルでは品質の低いシーケンスをまとめてトリミングしたり、アラインメントやアセンブルからシーケンスを編集したり、ヘテロザイゴスや塩基のコールの間違いを見つけたり、同じ遺伝子のフォワード・リバースリードからコンセンサスシーケンスを構築したりします。
Exercise 1では、アオガラCyanistes teneriffae由来のミトコンドリアDNAシーケンスセットを編集・アラインします。
Exercise 2では、3種のヨーロッパヨシキリ由来の核遺伝子シーケンスのフォワード・リバースリードを編集・アセンブルします。
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このチュートリアルのためにデータをご提供頂いたスウェーデンのLund UniversityのMartin Stevander と Maren Wellenreutherに感謝申し上げます。 チュートリアルのシーケンスデータは教育の目的のみに使用されます。