ここまでで、9個のサンプル全てのコンセンサスシーケンスを作成しました。これらのシーケンスはアラインすることができるので、ポピュレーション解析や系統樹解析をすることができます。全てのコンセンサスシーケンスを選択し、Align/Assemble>Multiple Alignをクリックします。デフォルト設定でGeneiousアラインナーを使って下さい。
アラインメントを開き、Distancesタブをクリックして生物種間の塩基の多様性の概要を見ます。期待通り、各種間よりも種内の方がシーケンスが似ています。実際、A. arundinaceus由来のシーケンスは一致しています。これでGeneious内で系統樹構築ツールを使用し、シーケンスの系統樹解析を行うことができるようになりました。更に発展的なポピュレーション解析を行うには、アラインメントをFastaやNexusフォーマットにエクスポートしてDNAspのようなプログラムに入れて解析して下さい。
これでこのチュートリアルはお終いです。