リファレンスへのアセンブル

(シーケンスの重複部分のクオリティが低くトリムしたため)前にアセンブルしなかった2つのA. dumetorumシーケンスをアセンブルするために、リファレンスに対して部分的なシーケンスをアセンブルします。Read AssemnblyのシーケンスリストからUnused Readsをクリックし、control/commandキーを押しながら、リファレンスシーケンスとして使用するdum3シーケンスをクリックします。Align/Assemble>Map to Referenceをクリックして下さい。dum3コンセンサスシーケンスがリファレンスとして設定されていることを確認し、Assemble by1st part of name、separated by underscoreを選択して下さい。他のオプションは下記のスクリーンショットの通りに設定して下さい。

今、新しい2つのコンティグアセンブリができたはずです。一つはdum2の、もう一つはdum4のものです。dum2アセンブリを開きます。なぜこれらがde-novo assemblyでアセンブルされなかったかの理由が見えてきます。4bpの領域があり、そこにはフォワード・リバースシーケンス間で重複する品質の良いシーケンスが無いためです。2重のピークの領域(両方のシーケンスでトリムされている)がここから始まります。-これはindelの存在がある可能性を示しており、2つのアレルのうち一つがdeletionを担っています。

indelをハイライトするためにコンセンサスシーケンスにアノテーションを加えます。コンセンサスシーケンスで4bpのギャップを選択し、Add Annotationをクリックして下さい。アノテーションのTypeはPolymorphismに設定し、Indelと名付けて下さい。OKをクリックすると、コンセンサスシーケンスにアノテーションが加わったことがわかります。Saveをクリックして、その後dum2のコンセンサスシーケンスを新しいファイルに抽出します。

dum4シーケンスを含む他のリファレンスアセンブリにこのプロセスを繰り返します。


Exercise 2d: コンセンサスシーケンスの解析