Section 1:1つのシーケンスのBLAST検索

Geneiousではタンパク質のクエリーもDNAのクエリーも1シーケンスでの検索を簡単に行って頂けます。クエリーシーケンスのタイプは自動的に定義されます。P00656をクリックし、ツールバー上のBLASTボタンをクリックして下さい。すると、BLASTの設定画面が現れます。



これが最も基本的な設定画面です。P00656がアミノ酸シーケンスであることを表しています。Databaseはデフォルト設定のNCBI nr protein databaseになり、Programは素早くタンパク質シーケンス解析ができるblastpが選択されています。Geneiousで使用できる他のBLASTのアルゴリズムについてはSection 4をご参照下さい。

ResultsがHit Tableに、RetrieveがMatching Regionに設定されているかご確認下さい。この設定で、トップヒットのリストと、各ヒットとのアラインメントと、query-centricアラインメントが結果として返ってきます。

他の設定はそのままにして、Searchボタンをクリックします。クエリーがNCBIに送られ、Geneiousに新しい検索フォルダが作成されます。

フォルダ名にはクエリーに使用したシーケンス名、検索に使用したデータベース名やプログラム名、括弧内に結果の数が表示されます。

Section 2: 結果の見方

Section 3: バッチ検索

Section 4: 検索オプション