Section 4: 検索オプション

デフォルトでは、Geneiousはクエリー配列のタイプに一番適切なBLAST検索プログラムを選択します。シーケンスドキュメント(以前の検索結果も含む)を選択するか、シーケンスをボックスにペーストして下さい。これまで見てきたように、Geneiousのタンパク質シーケンスには、タンパク質のデータベースに対して検索を行うblastpが適用されます。しかし、tblastnを使用してDNAデータベースを検索することも可能です。tblastnはタンパク質のクエリーと比較するために、DNAデータベースをタンパク質に翻訳します。

同じく、DNAシーケンスのクエリーにはデフォルトでMegablastが適用されます。Megablastは相同性の高いヒットを探すのに適しています。検索の精度を高めるには、blastnDiscontiguous Megablastを選択するのも良いでしょう。blastxは、タンパク質のデータベースに対してDNAシーケンスのクエリーを検索するのに使用されます。BLASTの詳細については、http://en.wikipedia.org/wiki/BLASTをご参照下さい。

データベースのロケーションやタイプによって、Geneiousが適切なプログラムの選択肢を出してくれるので、リストからはどのデータベースでも選択可能です。

バッチ検索する際は、全てのシーケンスを同じデータベースに対して、同じプログラムを使用して比較します。

選択された検索プログラムによっては、More Optionsをクリックして検索オプションを変更することができます。下図はMegablast選択時に拡張したウィンドウです。:


このチュートリアルはBLAST検索オプションの全ての面をカバーしているわけではないので、いくつかの例で試して、どのような結果が得られるか見てみて下さい。

例えば、Low Complexity FilterをオフにしてBLASTのヒット数が変われば、そのフィルターは重要であるということになります。複雑性が低く、機能的な領域を持つシーケンスが得られるよう、プログラムが返してくるヒット数を厳しく制限することが可能です。

同様に、scoring table、word size、gap costsを変更することでヒットとアラインされた領域の数を変化させられます。簡単に言うと、デフォルト設定での検索は、関連のあるシーケンスを探すためのベストな方法ではないかもしれないのです。


カスタム BLAST

自身のコンピュータ上で自分のデータベースを作成して、それに対してのBLAST検索にも興味があるかと思います。Add/Remove Databasesボタンをクリックして、 Set Up Search Servicesを選択し、Browseからlocal BLASTデータベースを加えられます。詳細はマニュアルを下記よりダウンロードしてカスタムBLASTの章をご参照下さい。カスタムBLASTは比較したい特定のシーケンスリストがあるときに便利です。

http://www.digital-biology.co.jp/j_doc_dl.php

メールアドレス:geneious@biomatters

パスワード:orange

これでBLAST検索のチュートリアルはおしまいです。