CRISPR/Cas9はRNAでガイドされたエンドヌクレアーゼを使用した遺伝子編集テクノロジーです。このシステムには、Cas9エンドヌクレアーゼが切断部位を検出するために、PAM (Protospacer Adjacent Motif)サイトに近接した20bpのターゲットシーケンスからなるガイドRNA(gRNA)が必要です。GeneiousのFind CRISPR sites機能では、選択した遺伝子内でgRNA ("CRISPR")サイトや、興味のあるゲノムのオフターゲット結合部位を検索します。選択したシーケンス内の各CRISPRサイトは、どのくらい潜在的に結合するオフターゲットサイトがあるかと、オフターゲットサイトがオリジナルシーケンスにどのくらい似ているかでスコアリングされます。
このチュートリアルでは、Saccharomyces cerevisiae S288c由来のLYP1 CDSで勉強します。また、オフターゲットデータベースとしてはS288cゲノムを使用します。LYP1(Lysine permease)は、酵母のゲノムの14番染色体で見つかった遺伝子です。三つのアミノ酸パーミアーゼ(Alp1p, Can1p, Lyp1p)の一つで、カチオン性アミノ酸の取り込みを担っています。この遺伝子の詳細については、ここをクリックして下さい。