未知のシーケンスのBLAST
シーケンスの起源を同定する簡単な方法は、GenBankと比較することです。
"Consensus bear bile"シーケンスを右クリックし、
BLAST
を選択します。
Database
を"nr"に設定し、
Program
を"blastn"に設定します。他の設定はデフォルトのままにしておきます。次に
Search
ボタンをクリックすると、シーケンスがGenBankと比較されます。 時間がかかりますが、待ちます。BLAST検索から一番マッチしたものを見てみます。コンセンサスシーケンスに100%マッチするGenBankの結果がいくつかあるはずです。(結果はGenBankに保存された新しいシーケンスによって変わります)
GenBankエントリーのaccession EF076773を選択します。フルシーケンスをダウンロードして下さい。
Ursus thibetanus formosanus
の全ミトコンドリアゲノムです。シーケンスビューでは、アノテーションにチェックを入れて選択可能なアノテーションのリストから"BLAST Hit"を選択するとBLASTのヒット部分を見ることができます。 このケーススタディで、CytB遺伝子の5'末端からDNAの断片を増幅したことに気づくと思います。(必要であれば、CDSアノテーションにチェックを入れて下さい)
Question 3:
GenBankファイル内の情報から、熊胆の結晶から得られたシーケンスに一番マッチするGenBankの一般名は何でしょう?
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Question 4:
Ursus thibetanus formosanus
については
こちら
をご参照下さい。このページの情報から、この種の保護状況(conservation status)は何でしょうか?
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Exercise 4:
系統樹の作成