DNAを使用した野生動物の科学捜査

DNAは熊胆の結晶から単離されます。一般的なプライマーでPCR増幅します。このケースで一般的なプライマーを使用するのは、漢方の取引で詐欺行為がよく行われているためです。熊胆を調査した結果、実際は65%がブタ由来でした。わずか3%がクマ由来で、後はヤギとバッファローでした。 (Espinoza et al. 1993).

ミトコンドリアのシトクロームBの遺伝子のターゲットDNAのPCR増幅に使用したプライマーのリストは下記の通りです。:

Primer 1: H15149 (5' to 3') TAAACTGCAGCCCCTCAGAATGATATTTGTC

Primer 2: L14841 (5' to 3') AAAAAGCTTCCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA


およそ340bpのPCR産物ができました。PCR産物を両端からシーケンスして2つのクロマトグラムのファイルを作成しました。
ダイターミネーターシーケンスについて知りたい場合は、Wikipediaをご参照下さい。

クロマトグラムのファイル Bear bile sequenced with H15149を見て下さい。クロマトグラムビューワーで色々な方法、色付けでクロマトグラムを見ることができます。レイアウトに慣れるためにも、色々なオプションを試してみて下さい。 アノテーションタブのShow Annotationsにチェックを入れると、一か所PCRプライマーの場所を見ることができます。アノテーションタブではクロマトグラムの特徴を表示できます。

Question 1: およそ340ベースで突然シーケンスが止まっています。それはなぜでしょう?
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Exercise 2: クロマトグラムの編集
Exercise 3: 未知のシーケンスのBLAST
Exercise 4: 系統樹の作成