系統樹の作成

シーケンスがクマ由来であることを同定したら、系統樹を使用してそれを確認することができます。

"Bear Sequences" alignmentと"Consensus bear bile"シーケンスを選択して下さい。 Align/Assemble→Multiple Alignをクリックし、アラインメントオプションから"93% similarity"、 "global alignment with free end gaps"、 "automatically determine sequences' direction" を選択してOKを押します。

熊胆サンプルのDNAシーケンスがアラインメント内で他のシーケンスよりも短いことに気づくと思います。そのような無い部分のデータは系統樹の作成に影響を与える可能性があります。このエクササイズでは、熊胆シーケンスへの遺伝的なマッチを単純に探そうしているだけで、クマの進化を追っているわけではありません。厳密に言うと、熊胆のシーケンスに対応するアラインメントのエリアを抽出し、系統樹を構築しなければなりません。(Geneiousではクマの進化系統樹の作成も簡単にできますが、このケーススタディには必要ありません。)

この新しいアラインメントを使用して、系統樹を作ります。Treeボタンをクリックし、Genetic Distance Modelで"HKY"を、Tree build Methodで"UPGMA"を選択して下さい。"Resample tree"にチェックを入れ、bootstrap methodを選択し、Number of replicatesを100に設定してコンセンサスツリーを作成します。

Question 5: 系統樹によると、熊胆サンプルから単離したDNAシーケンスと一番近い種は何でしょう? (注意: Selenarctos thibetanusUrsus thibetanus は同じ種です。)
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Question 6: ノードのBootstrap values (もしくは consensus support)はどのくらい系統樹が安定的かの指標となります。系統樹上でconsensus support valuesを表示させましょう。("Show node labels"メニューのディスプレイオプションの下でできます。)系統樹で熊胆シーケンスと一番近いグループの%supportはいくつでしょうか?
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"DNA科学捜査"チュートリアルはこれで終了です。各Questionの答えは、こちらをご参照下さい。