これでシーケンスをGenbenkに投稿する準備ができました。シーケンスを選択してTools→Submit to Genbankをクリックして下さい。Submission nameを入力し(e.g. Tutorial 1)、Save a local file (.tar)を選択します。これを選択すると投稿をGenbankに行うのではなく、ハードドライブ内に保存します。Edit Publisher Detailsボタンをクリックし、お名前とアドレスを入れます。Reference titleにはシーケンスが記載される予定のジャーナルの名前を入れます。まだ論文が発行されていなければ"Unpublished"を選択します。シーケンスの記載された記事が発行されればアップデートされるので、ジャーナルの名前がわからなければ適当な名前で大丈夫です。今回はこのチュートリアルの目的である"TEST"をReference Titleに入れてOKをクリックして下さい。
ここで、Exercise 1aでドキュメントに設定したfieldを、Genbank field(Fields欄)に位置付けする必要があります。最初に、Project Nameに"tuatara MHC"にような名前を入力します。次に、Specimen Voucher ID の隣の矢印をクリックしてドロップダウンメニューを出します。Exercise 1aで加えたGenbank Submission fields情報がオプションで出てきます。Specimen Voucher ID (Genbank Submission)を選択して下さい。
他のfieldを追加投入するには、下記のように選択して下さい。:Organism = Organism, Genetic code = Standard; Sequence ID = Sequence ID (Genbank Submission) Molecule Typeはselect "Genomic DNA", Genomic Locationは"Genomic"を選択します。他のfield(Identified by, Collected by, Country, Collection Date etc)はNoneのままにしておいて大丈夫です。他に、Exercise 1aで加えていたTissue typefieldを追加します。Include extra fieldsにチェックを入れて、Chooseボタンをクリックし、Field Nameは Tissue_type、Field Value はTissue type (Genbank Submission)を選択して下さい。OKをクリックします。
geneとCDSとexonのアノテーションを投稿内容に加えるために、Include Features/Annotationsボックスにチェックします。今回はシーケンスと一緒にプライマーは投稿しないので、Include Primersボックスのチェックは空にして下さい。今、Submit to Genbankボックスは下記のように見えていると思います。 :
投稿をテストするためにOKをクリックするのですが、実行前に必ずGenbankにアップロードするのではなく、ファイルとして保存するように選択しているか(Save a local file (.tar)にラジオボタンがついているか)をダブルチェックして下さい!チュートリアルのシーケンスをGenbenkに登録してしまわないためです。OKをクリックしたら、不具合報告書(descrepancy report)が出てきます。これは投稿時毎回出てくるもので、必ずしも投稿内容にエラーがあるという意味ではありません。もし投稿の障害になるようなエラーがあれば、Validation Errors/Warningsウィンドウが出てきて、エラーの詳細が表示されます。
Continueをクリックし、.tarファイルをデスクトップに保存します。これでタンパク質コード遺伝子のテスト投稿は完了しました。本物のデータをGenbankへ投稿する場合は、Save a local fileではなくUpload submissionを選択して下さい。