Exercise 2: non-coding mtDNAシーケンスのアラインメントを投稿する

アラインメントを選択し、Tools→Submit to Genbankをクリックします。Submission Nameを入れ(e.g. Tutorial 2)、チュートリアルのシーケンスを本当にGenbankに登録してしまわないように"Save a local file"を選択して下さい。Publisher Details(名前、アドレス、Reference Title=TEST)はExercise 1と同じにしておきます。

同じ生物種の6つの異なる個体から単離された同じmtDNA領域のシーケンスから構成されているので、このアラインメントは集団研究であることを意味しています。Submission TypePopulation Studyを選択して、集団研究であることを指示します。

Project Nameには"tuatara mtDNA"のような名前を入れ、下記のようにGenbank fieldにドキュメントのfieldを位置付けします。:


シーケンスにサンプリングした場所とサンプル名を付与したいので、fieldとして他にIsolation sourceとIsolate nameも加えます。Include extra fieldsにチェックを入れ、Chooseボタンをクリックします。Field Name:Isolation Sourceを選択してFieldを追加し、Field Value:Descriptionを選択して位置付けします。+ボタンをクリックして同様にField Name:Isolateを選択してFieldを追加し、Field Value:Nameを選択して下さい。Sequence IDが"Name"に位置付けられますが、このSequence IDは投稿のプロセスでシーケンス同定にのみ使用されます。そのためGenbank flat fileに出てくるIDには、他のfieldが位置付けられることになります。

投稿にシーケンスアノテーションを加えるために、Include Features/Annotationsにチェックを入れます。最後に、今回はシーケンスに付随したプライマー情報をアップロードしないので、Include Primersのチェックボックスがオフになっているかを確認して下さい。Submit to Genbankのウィンドウは下記のようになっているはずです。:


OKボタンをクリックしてテスト投稿しますが、実行前に必ずGenbankにアップロードするのではなく、ファイルとして保存するように選択しているか(Save a local file (.tar)にラジオボタンがついているか)をダブルチェックして下さい!チュートリアルのシーケンスをGenbenkに登録してしまわないためです。OKをクリックしたら、不具合報告書(descrepancy report)が出てきます。これは投稿時毎回出てくるもので、必ずしも投稿内容にエラーがあるという意味ではありません。もし投稿の障害になるようなエラーがあれば、Validation Errors/Warningsウィンドウが出てきて、エラーの詳細が表示されます。

Continueをクリックし、.tarファイルをデスクトップに保存します。これでミトコンドリアDNAアラインメントのテスト投稿は完了しました。本物のデータをGenbankへ投稿する場合は、Save a local fileではなくUpload submissionを選択して下さい。

おめでとうございます、Genbank Submissionチュートリアルはこれで終了です。トラブルシューティングに関しては、こちらをクリックして下さい。