Geneiousの投稿ツールはBankITを搭載し、一つのシーケンスや一つのシーケンスセット(Ex.16S rRNA, matK, ITS/rRNA, amoE, tefB, cytb, COI sets)や異なるシーケンス群の小さい集まりのような、シンプルなデータ投稿のみができるように設計されています。もし複雑なシーケンスアノテーションを持った複雑なシーケンスを投稿したい場合は、GeneiousではなくSequinをご利用下さい。
ESTs (expressed sequence tags), STSs (sequence tagged sites), GSSs (genome survey sequences), High-Throughput Genomic (HTGs) Sequences, complete microbial genomes, Whole Genome Shotgun (WGS) Sequences Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) SequencesはGeneiousからは投稿できません。これらはNCBI website内の適切なルートを利用して投稿して下さい。
NGS由来の生のシーケンスリードはShort Read Archive (SRA)を通じて投稿しなければなりません。
下記のデータはGenBankでは受け付けられません:
投稿できるシーケンスタイプの詳細は、NCBI websiteをご参照下さい。
"Sequence x is lacking a reference" どうすればリファレンスを作成できますか?
このエラーメッセージはGenbankにアラインメント投稿時、アラインメント内の1つ以上のシーケンスがオリジナルのシーケンスドキュメントにリンクしていない場合に現れます。Geneiousにアラインメントをインポートして、アラインメント内のシーケンスを編集してその変化をオリジナルのシーケンスに反映させていない時にこのようなことが起こります(オリジナルシーケンスへのリンクが切れています。下記をご参照下さい)。
オリジナルのシーケンスドキュメントにリンクされたアラインメント内のシーケンスには、アラインメント中のシーケンス名の左にがあります。このリンクをクリックするとオリジナルのシーケンスドキュメントに繋がります。このアラインメント内のリンクの切れたシーケンスに、シーケンスをリアラインすることなくリファレンスのシーケンスを作成することが可能です。実行するには、アラインメント内のシーケンス名を選択し(これでそのシーケンス全体が選択されます)、Extractをクリックして下さい。新しいシーケンスドキュメントができます。このシーケンスに情報(例えばCollection data)を加えるには、リンクされたリファレンスシーケンス(i.e.新しいシーケンスドキュメント)に加えて下さい。
Geneiousがオリジナルのシーケンスに変更を反映したいか質問してきません
"Remember My Preference"オプションを選択して既に質問に答えている場合は、Geneiousは同じ質問をしてきません。リセットするには、Tools→Preferencesを開き、Appearance and BehaviorタブのReset questionsボタンをクリックして下さい。
生物種名が合っていません(Inconsistent taxnames)
このエラーはSubmit to Genebankウィンドウ内で指定された生物種名が、投稿したいシーケンスのシーケンスアノテーションの生物種ラベルと合っていない時に起こります。"Source"アノテーションを他のシーケンスから投稿しようとしているシーケンスにうっかり移行してしまった時によく起こります。SourceアノテーションはAnnotationsパネルでこのアノテーションタイプにチェックが入っていないと見えません。このエラーを直すには、Sourceアノテーションを削除するか、Sourceアノテーションのorganism labelを訂正して下さい。
不正なスタートコドンが使用されています(Illegal start codon used)
NCBIはCDSアノテーションに対してのみ、アノテーションのtransl_tableラベルとcodon_startラベルを用いて自動でアミノ酸翻訳を行います。このエラーメッセージは翻訳がスタートコドンでスタートできない時や、CDSを部分として指定していないときに起こります。これを直すには、transl_tableやcodon_startをEdit Annotationsで変更する必要があります。すると、最初のコドンがスタートコドンになります。ウィンドウが出てきたら、5'末端のアノテーションの端が矢印ではなく平滑に切れている(truncatedにチェックする)ようにして下さい。
ストップコドンがありません(Missing stop codon)
このエラーメッセージはCDSアノテーションの自動翻訳がストップコドンで終わらなかったときやCDSが部分としてラベルされていないときに起こります。アノテーションのフレームや翻訳のテーブルが正しいかチェックして下さい。もし正しくなければ、それらを変更して下さい。また、CDSが部分的なCDSシーケンスであれば、Edit Annotationsを開き、Intervalsをダブルクリックして下さい。ウィンドウが開き、アノテーションの3'末端を平滑にする(truncatedにチェックする)ようにして下さい。
識別子や特徴が未記入です(Missing qualifiers or features)
アノテーションの識別子は小文字で記入しなければ認識されません。例えば、CDSや他のアミノ酸の特徴(e.g. tRNA)のアノテーションに必要な"product"識別子を記入した場合、productのpを"P"にしていると、下記のようなエラーメッセージが現れます。
Missing encoded amino acid qualifier in tRNA feature, or
No protein BioSeq given FEATURE:CDS and
Expected CDS Product absent