使用例 3: Binningの設定

全サンプル を選択しTracesタブからLIZ以外の蛍光標識にチェックを入れ、 Predict Bins ボタンをクリックします。

各蛍光標識に対して全て一回ずつ選び表示されるダイアログにOKを選択し、作業をSaveします。
LIZはコントロールなので、この作業を行わないでください。

ここで作成したBinは検出されたピークとそのサイズに基づいてアルゴリズムを使用することにより自動決定されます。

Alleles Tableをクリックして、すべての蛍光標識のチェックボックスをONにします。Binが設定されていないピークがある場合、赤色で Unbinned Peak)warning boxesが表示されます。Binが設定されていないピークには、Traceタブから対象のBinを選択して 'Edit Bin' ボタンからBinの認識幅をドラッグして編集できます。

Bin幅の修正後、Alleles Tableも同時に修正されます。No peaksのWarning表示は今回のケースでは無視できます。これらのサンプルではアレル(対立遺伝子)が増幅されなかったことを意味します。

次にAllele Size Distribution タブではサイズの範囲がグラフ化されています。 一般的に、1つのマイクロサテライト蛍光標識を見て、対立遺伝子のサイズを示す範囲を参照します。 今回のような小規模のデータセットでは手順は明らかではありません。 しかしLIZ標識を確認すると、より大きなマイクロサテライトのデータセットにはどのような手順かを見ることができます。 Since this is such a small data set the steps aren't obvious, but if you look at the LIZ dye you can see what the steps would look like for a larger microsatellite data set:

チュートリアル最後の作業はAlleles tableの CSVファイル保存です。 CSVにはWarnings以外を指定して保存可能です。 その場合はWarningsの欄は空白として保存されます。

これで対立遺伝子の検出が完了し、マイクロサテライト解析の次のステップへ進みます。本チュートリアルは以上です。