マルチプルシーケンスアラインメント - アラインメントの構築

これからGeneiousを利用して、与えられている植物DNAシーケンス群と、BLAST検索のセクションで見つけたシーケンスのアラインメントを行います。

このチュートリアルフォルダにはヌクレオチド()アイコンで定義された22個のDNAシーケンスがあります。加えて、先ほどBLASTサーチで得られたシーケンス(DQ311981)も同じアイコンで入っています。チュートリアルフォルダ内の全てのシーケンスを選択して下さい。但し、チュートリアルのドキュメントは選択しないようにして下さい。もし選択してしまうと、アラインメントが動きません。

23個の全てのDNAシーケンスを選択して、 Align/Assemble→Multiple Alignをクリックするとアラインメントのオプションが選択できるようになるので、MUSCLEというGeneiousアラインナーよりも早いアラインメントを選択します。他の設定は全てデフォルトのままにしておきます。



OKボタンをクリックします。アラインメントが終了したらドキュメントビューワーパネル内にアラインメントドキュメント()が現れ、自動で開きます。

Alignment Viewタブのアラインメントを見てみましょう。


Question 4: 最もギャップが入っている場所はどこでしょう?
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Annotations and Tracksパネルから、BLASTサーチからインポートしたシーケンスのアノテーションを見ます。アノテーションが見られない場合は、アラインメントビューワーの左側の Annotations and Tracks内のアノテーションにチェックを入れて下さい。


Question 5: 全てのシーケンス間で最も多様性があるドメインとないドメインはどこでしょうか?
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Alignment Viewタブ右側の Statisticsパネルを開きます。

Question 6: シーケンスの類似性の%(Pairwise % Identity)はどのくらいでしょうか?また、相同なサイト(Identical Sites)の%は?
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Question 7: 2つの数字はなぜ異なるのでしょうか?
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Exercise 3: 系統樹