BLASTでデータベース検索

このセクションでは与えられている植物DNAシーケンス群の一つを使用してデータベース検索を行います。

BLAST は解析者から提供されたシーケンスとマッチしそうなシーケンスを検索するツールです。 公共のシーケンス保存データベースとしては、 NCBI GenBank(アメリカ)、EMBL(ヨーロッパ)、DDBJ(日本)がよく利用されています。

BLASTでのサーチを行う理由は様々です。進化の歴史を解析するために相同性の高いシーケンスを探すこともあれば、今回のケースのようにクエリーシーケンスについて推論を行うために、既に解読されてきているシーケンスの構造や機能の類似性を調べることもあります。

Geneiousでは、NCBIのページをブラウザで開くことなく、NCBI GenBankに対するBLASTサーチが可能です。

ここをクリックすると、 植物のシーケンスが一つ選択されます。このシーケンスドキュメントには名前とシーケンス以外には何もありません。また、アノテーションも全くありません。 BLASTでこのようなシーケンスを検索すると、このシーケンスについて何がわかっているのか、何が近い関係をもつのかなどを見つけられるでしょう。

上部のツールバーにあるBLASTボタンをクリックすると、このシーケンスに対してBLASTできます。 ウィンドウ左下のボタン下のReset to Defaultsを選択して、設定をデフォルトに戻して下さい。-灰色になっていれば、既にデフォルト設定になっています。blastnを使用して、nrデータベースに対してBLAST検索をかけます(これがデフォルト設定です)。 nrとは、GenBank、EMBL、DDBJ、PDB、Refseqで配列の重複が無い(non-redundant)DNAシーケンスのデータベースで、EST、STS、GSS、HTGSは含みません。

他の設定はそのままにしてSearchボタンをクリックします。


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Exercise 2: マルチプルシーケンスアラインメント
Exercise 3: 系統樹