BLASTでデータベース検索 - 検索結果の分析

サーチが終わると、Geneiousに新しいフォルダが作成され、アラインメントがダウンロードされます。このフォルダには解析者が投げたクエリーも入っています。色々な方法で結果をソートできます。"E Value"でソートしてみて下さい。ソートを行うと、カラムの一番上に昇順、降順に合わせて小さい三角マークがつきます。


Question 1:一番マッチしたところのE-valueはどのくらいでしょうか?
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画面をスクロールしてBit-Score(類似性のスコア), % Pairwise Identity なども見て、何が起こっているか見てみましょう。

とりわけアラインメントはいつも確認しなければなりませんので、ヒットしたシーケンスをいくつかクリックして見てみます。Alignment Viewでは、データベース(result)シーケンスにアラインされたクエリーシーケンスを見ることができます。 (ペアワイズアラインメントの詳細は、 Pairwise Alignments チュートリアルをご参照下さい。) 数字を見ると、アラインメントの長さがヒットした多くのデータベースのシーケンスの全長とは異なっていることに気づきます。 ヒットしたシーケンスとクエリーシーケンスの塩基数を見るには、Alignment viewの右側にあるAdvanced settingタブを開き、Numberingにチェックを入れ、隣のドロップダウンメニューでAll Sequencesを選択します。BLASTのようなローカルアラインメントは、シーケンス全体に対してアラインメントを試すわけではなく、局所的にマッチすれば良いので、アラインメントの長さが異なってきます。BLASTでのヒットは有意性が高いため、アラインメント結果の相同性はかなり高いはずです。

Alignment Viewでは、クエリーシーケンスとヒットシーケンスの同一性をグラフで見ることができます。グラフを見るには、Alignment Viewの右側のグラフタブをクリックし、Show graphsIdentityにチェックを入れます。


Question 2: ヒットした配列とクエリー配列はどのように異なっているでしょうか?
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一つの画面でクエリーシーケンスに対する全部のBLASTヒットを表示したい場合は、Documetテーブル上部にあるQuery-centric viewタブをクリックします。この画面では、クエリーシーケンスがリファレンスシーケンスとして表示され、全てのヒットしたシーケンスがマップされた状態を見ることができます。

Hit Tableに戻ってMedicago polymorphaへのヒット(Accession number DQ311981)を選択します。 (表から簡単に見つからない場合は、右上にあるSearchボックスから検索が可能です。)Sequence viewer内のDownload full sequencesボタンをクリックします。GeneiousはNCBI GenBankの利用可能なアノテーションを含んだ情報をダウンロードして add a Sequence Viewタブを新たに表示してくれます。クエリーがマッチした場所には”BLAST hit”のアノテーションがつきます。もし現在アノテーションが見えていない場合は、アノテーションタブを開き、Show annotations隣のチェックボックスにチェックを入れ、更に表示したい種類のアノテーションにチェックします。


Question 3: アノテーションによると、これはどのようなシーケンスであると言われているでしょうか?
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NCBIの情報を見るには、Text Viewタブをクリックします。Geneiousではこのテキスト情報を使用してグラフを描いたり、"Alignment View"タブでシーケンスに対してアノテーションを付けたりします。

このシーケンスを、Document Tableからplant DNAフォルダにドラッグ&ドロップするだけでコピーができます。

おめでとうございます!これでBLASTサーチが完了です。


Exercise 2: マルチプルシーケンスアラインメント
Exercise 3: 系統樹