Plant Molecular Evolution - 答え

Question 1: 一番マッチしたところのE-valueはどのくらいでしょうか？
> 0 (限りなく偶然性が少ないの意味)

Question 2: ヒットした配列とクエリー配列はどのように異なっているでしょうか？
> ミスマッチ、転移、変異、Indelがある。

Question 3: アノテーションによると、これはどのようなシーケンスであると言われているでしょうか？
> BLASTのヒットの場所に沿って、18S、5.8S、2.8SのリボソームRNAとITS領域1&2

Question 4: 最もギャップが入っている場所はどこでしょう？
> ITS領域

Question 5: 全てのシーケンス間で最も多様性があるドメインとないドメインはどこでしょうか？
> ITS領域が最も多様性に富み、リボソームDNAは最も多様性が低い。

Question 6: シーケンスの類似性の％(Pairwise % Identity)はどのくらいでしょうか？また、相同なサイト(Identical Sites)の％は？
> ペアワイズ類似性は93.3%、相同なサイトは65.6%。

Question 7: 2つの数字はなぜ異なるのでしょうか？
> 相同なサイトはアラインメント中の全てのシーケンスに渡って相同。一方、ペアワイズ類似性はペアワイズ比較して相同なサイトの平均値のため。

Question 8: 最も近縁な種間の枝の長さの総和はどのくらいでしょうか？
> (7.57x10^-4)+(7.57x10^-4)=0.001514でMedicago tornata と Medicago littorals が最も近縁。

Question 9: 最も近縁な種間の遺伝的な距離はどのくらいでしょうか？
> (7.57x10^-4)+(7.57x10^-4)=0.001514

Question 10: 最も近縁な種間での長さの総和と長さを比較すると何が言えるでしょうか？
> 遺伝的な距離は枝の長さの総和とほとんど等しい。