NGSライブラリ調整キットLOOP Seq™

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LoopSeq™のワークフロー

LoopSeq™は既存のイルミナショートリードシークエンサーを、一分子ロングリードシークエンサーとして利用するためのライブラリ調製キットです。独自のテクノロジーで分子バーコード(Universal Molecular Indices: UMI)を与えられたライブラリを、独自のアルゴリズムで解析するための全てが、キットを購入するだけで提供されます。ライブラリ調製のための特別な装置は必要ありません。生データをクラウドにアップロードするだけで合成ロングリード配列を得ることができます。そのための追加の費用は不要です。

図1: LoopSeq™のワークフローは既存の装置を利用して、シンプルな流れで達成される

LoopSeq™キットの独自のテクノロジーで分子バーコードを与えられたライブラリを、独自のアルゴリズムで解析するための全てが、キットを購入するだけで提供されます。生データをクラウドにアップロードするだけで自動で解析を行うことができるため、特別な情報解析スキルは不要で、どなたにもお試しいただけます。解析結果はFASTQ/FASTA,OUT解析、および定量データ※として提供されます。(※定量性の有無はキット仕様により異なります。詳細はお問い合わせください。)

LoopSeq™のライブラリ調製

本キットにより得られる分子バーコード付きのライブラリは,疑似ロングリードとしてのデータ取り扱いを可能にします。また、分子バーコードを利用してPCR増幅バイアスをキャンセルすることでシークエンスエラー率を0.005%以下に抑え、精度の高い情報を提供します。

サンプルをインプットします。
※初発のDNAサンプルは、キットにより異なります。

2サイクルのBarcode Assignment PCRにより、目的サイトの5’にバーコードを付加します。末端がバーコードでラベルされた、沢山の分子ができあがります。
※バーコード(Loop BC)はサンプル特異的バーコードと分子バーコード(UMI)から成ります。

バーコードを持つ分子の全長を、PCRにより増幅します。

混合 & PCR増幅
1ライブラリあたり最大8あるいは24サンプルの、分子バーコード(UMI)ラベル化された分子を混合し、以降の工程はシングルチューブで行います。

分子の末端に付加したバーコード配列を、copy & pasteのようにして増やしていきます。このバーコードの頒布は同一分子内のみでしか起こらないのが特徴です。

断片化 & ライブラリ調製
バーコードを含む一分子を、ランダムに断片化します。その後、インサートの5’端にバーコードを持つようにライブラリの形を整えます。

長さ600bp程度のライブラリには20種のi7を持たせることができ、最大で480-plexの実験デザインが可能です。

LoopSeq™商品概要

メタバーコーディング解析用NGSライブラリ調製キット

16S/18S ribosomal RNA geneを対象

本キットは16Sまたは18S ribosomal RNA geneの可変領域全長を検出対象にすることができるという点で優れています。最大5ngのインプットgDNAから解像度高く菌種を同定することができます。

  • 24サンプル/ライブラリで、キットは1回使い切りです。プレートの再凍結および繰り返し利用はできません。
  • シークエンスは150bpあるいは300bpのペアエンド解析を行ってください。24-plexで100-150M PEあるいは50M PEリードのデータ取得が推奨されています。
  • 生データをクラウドにアップロードするだけで自動で解析を行うことができ、レポート(Taxonomy Abundance、OTU Relative Abundance、Alpha Diversityなど)が作成されます。
  • データベースは「silva」あるいは「Green Gene」より選択可能です。

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Fungiの解析に重要な3つのマーカー(18S、ITS1、ITS2)を対象

本キットはFungiの解析に重要な3つのマーカー(18S、ITS1、ITS2)を全てスパンする、全長2,500bpを測定ターゲットとすることができるという点で優れています。10ngのインプットgDNAから解像度高く菌種を同定することができます。

  • 24サンプル/ライブラリで、キットは1回使い切りです。プレートの再凍結および繰り返し利用はできません。
  • シークエンスは150bpあるいは300bpのペアエンド解析を行ってください。24-plexで175-250M PEあるいは50M PEリードのデータ取得が推奨されています。
  • 生データをクラウドにアップロードするだけで自動で解析を行うことができ、レポート(Taxonomy Abundance、OTU Relative Abundance、Alpha Diversityなど)が作成されます。
  • データベースは「silva」、「unite community」および「EnsemblFungi」を利用しています。

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研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用はできません。
同社のロゴおよびLoopSeq™ はLOOP GENOMICS社の商標です。その他全ての商標はそれぞれの所有者に帰属します。
商品ラインアップ、キット仕様およびプロトコルは予告なく変更となる場合があります。

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