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ホーム > 製品情報 > 【試薬・消耗品】 NGSライブラリ調製キット LOOP GENOMICS

NGSライブラリ調製キット LOOP GENOMICS

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LoopSeq™ Completeは既存のイルミナショートリードシークエンサーを、一分子ロングリードシークエンサーとして利用するためのライブラリ調製キットです。独自のテクノロジーで分子バーコード(Universal Molecular Indices: UMI)を与えられたライブラリを、独自のアルゴリズムで解析するための全てが、キットを購入するだけで提供されます。ライブラリ調製のための特別な装置は必要ありません。生データをクラウドに上げるだけで自動で解析を行うことができるため、特別な情報解析スキルは不要で、どなたにもお試しいただけます。

LoopSeq™ Completeのワークフロー

LoopSeq™ Completeのワークフローは既存の装置を利用して、シンプルな流れで達成されています。

LoopSeq™ Complete</span>を選択する、これだけの理由があります

スマートでパワフルなテクノロジーです!

  • 既存のショートリードシークエンサーを、一分子カウントの可能な(疑似)ロングリードシークエンサーに変身させます。
  • 分子バーコードの利用により、精度の高いシークエンス結果を提供します。(エラー率<0.005%)

卓越したパフォーマンスを提供します!

  • より正確な生物種の分類情報、相対種個体数情報を提供します。
  • 生データをクラウドに上げるだけで、自動で解析を行うことができます。追加の費用は不要です。

費用対効果が高い方法です!

  • 既存のショートリードシークエンサーがそのまま利用できます。
  • ライブラリ調製のための特別な機器は不要です。(ランピング機能付きのPCR装置はご用意ください。)
  • 簡単・迅速なワークフローで、24サンプルをワンチューブで処理できます。

LoopSeq™ テクノロジー概要

現在は、メタゲノム解析用キット(16S Microbiomeキット および16S & 18S Microbiomeキット)をご用意しております。シンプルなワークフローにより得られる分子バーコード付きのライブラリは、たとえば16Sの全長を疑似ロングリードとして取り扱うことを可能にします。PCR増幅バイアスをキャンセルすることで、シークエンスエラー率を0.005%以下に抑えます。間違って新種と判断されるリスクを減らし、精度の高い分類結果を提供することができる画期的な方法です。

  • 1分子の構造

    サンプルプレート内で、サンプル特異的バーコードと分子バーコード(UMI)を、DNA1分子ごとに付加します。

  • 沢山の1分子

    末端をバーコードでラベルされた、沢山の1分子ができあがります。

  • 混合

    その後サンプルを混合し(1キットあたり最大24サンプル)、以降の工程はシングルチューブで行います。

  • 分子の末端に付加したバーコード配列を、copy & pasteのようにして増やしていきます

    分子の末端に付加したバーコード配列を、copy & pasteのようにして増やしていきます。このバーコードの頒布は同一分子内のみでしか起こらないのが特徴です。

  • 断片化&ライブラリ調製

    バーコードを含む一分子を、適当な長さに断片化します。その後、インサートの5’端にバーコードを持つようにライブラリの形を整えます。

  • ライブラリの構造

    長さ400bp程度のライブラリには4種のi7を持たせることができ、最大96plexの実験デザインが可能です。

LoopSeq™ Completeのパフォーマンス

LoopSeq™ Completeで得られたリードの96%以上が完全長16Sシークエンスに寄与していました。

一般的にショートリードで限られた領域(V3やV4-V5)を見るだけでは、属レベルまで決めることができるのは50-70%程度です。しかし本キットによる一分子疑似ロングリード解析で全長(V1-V9)を読むと、属の同定は99%以上で可能となりました。90%は種の同定にまで至りました。

あらかじめ含有量のわかっているモデルサンプルを用いた実験を行いました。往々にしてPCR増幅によるバイアスは存在の多い種を際立たせ、少ない種を見えなくさせますが、分子バーコードを利用すれば実態に即した種の解析が可能となります。本キットを使えば、理論値と実測値との誤差がほとんど無く、そして0.02%といった非常に存在比の少ないものも、測定可能でした。

4サンプルを2つの別のキットで測定したところ、結果はよく一致していました。本キットは再現性が高く、複数回に分けて実験を行う場合にも、安心してお使いいただけます。

商品詳細

  • Multiplex workflow

    最大24サンプルをシングチューブで処理する,手間の少ないプロトコル。キットは1回使い切りのデザインとなっています。最大96plexの実験デザインが可能です。

  • Full-length 16S or 16S+18S

    完全長16S/18Sを疑似的に構築することができます。

  • Species classification

    解像度の高い解析を行うことで,99%以上のサンプルを属レベルで決定できます。

  • True quantification

    分子バーコードを利用した定量が可能です。

  • The cloud

    データはクラウド上で独自のパイプラインで自動解析され,数時間で結果を得ることができます。初期データ解析費用はキットに含まれています。

  • The data

    配列・分類・定量結果がレポートで提供されます。
    ・アセンブルされたContigの fasta/q
    ・Classification結果の円グラフ
    ・階級ごとの taxonomy file
    ・OTU解析結果

必要インプットサンプル 10 ngのゲノムDNA (2 ng/μL)
検出対象 Prokaryotes(16S)
Prokaryotes・Eukaryotes・ Archae(16S+18S)
推奨するシークエンス機種
(イルミナプラットフォーム)
HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, NextSeq, NovaSeq
シークエンス条件 2 x 150bp ペアエンド解析
24-plex(1キット使用)あたり100-150M PE readsを目指す
パスフィルタークラスター数は~50Mを目途とする
ライブラリ調製に必要な機器 ランピング機能付きのPCR装置
そのほか、一般的なライブラリ調製に必要な機器類一式

研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用はできません。
同社のロゴはおよびLoopSeqTM CompleteはLOOP GENOMICS社の商標です。その他全ての商標はそれぞれの所有者に帰属します。

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