LoopSeq™は既存のイルミナショートリードシークエンサーを、一分子ロングリードシークエンサーとして利用するためのライブラリ調製キットです。独自のテクノロジーで分子バーコード（Universal Molecular Indices: UMI）を与えられたライブラリを、独自のアルゴリズムで解析するための全てが、キットを購入するだけで提供されます。ライブラリ調製のための特別な装置は必要ありません。生データをクラウドにアップロードするだけで合成ロングリード配列を得ることができます。そのための追加の費用は不要です。
図1： LoopSeq™のワークフローは既存の装置を利用して、シンプルな流れで達成される
LoopSeq™キットの独自のテクノロジーで分子バーコードを与えられたライブラリを、独自のアルゴリズムで解析するための全てが、キットを購入するだけで提供されます。生データをクラウドにアップロードするだけで自動で解析を行うことができるため、特別な情報解析スキルは不要で、どなたにもお試しいただけます。解析結果はFASTQ/FASTA，OUT解析、および定量データ※として提供されます。(※定量性の有無はキット仕様により異なります。詳細はお問い合わせください。)
本キットにより得られる分子バーコード付きのライブラリは，疑似ロングリードとしてのデータ取り扱いを可能にします。また、分子バーコードを利用してPCR増幅バイアスをキャンセルすることでシークエンスエラー率を0.005%以下に抑え、精度の高い情報を提供します。
サンプルをインプットします。※初発のDNAサンプルは，キットにより異なります。
2サイクルのBarcode Assignment PCRにより、目的サイトの5’にバーコードを付加します。末端がバーコードでラベルされた、沢山の分子ができあがります。※バーコード（Loop BC）はサンプル特異的バーコードと分子バーコード（UMI）から成ります。
バーコードを持つ分子の全長を、PCRにより増幅します。
1ライブラリあたり最大8あるいは24サンプルの、分子バーコード（UMI）ラベル化された分子を混合し、以降の工程はシングルチューブで行います。
分子の末端に付加したバーコード配列を、copy & pasteのようにして増やしていきます。このバーコードの頒布は同一分子内のみでしか起こらないのが特徴です。
バーコードを含む一分子を、ランダムに断片化します。その後、インサートの5’端にバーコードを持つようにライブラリの形を整えます。
長さ600bp程度のライブラリには20種のi7を持たせることができ、最大で480-plexの実験デザインが可能です。
バクテリアゲノムde novo シークエンス用NGSライブラリ調製キット
4MBまでのバクテリアゲノムを対象
本キットはショートリードシークエンサーを使って、4MBまでのバクテリアゲノムのショットガンシークエンスデータをを3.0-6.0kbの合成ロングリードとして得ることができるという点で優れています。
- 8サンプル/ライブラリで、3回の実験が可能です。1サンプルあたり4Mbと想定していますが、複数反応を組み合わせることで、大きなゲノムサイズにもお使いいただけます（例: 12MBゲノムサイズで3サンプル分の使用）。
- シークエンスは150bpのペアエンド解析を行ってください。8-plexで320M PEリードのデータ取得が推奨されています。
- 生データをクラウドにアップロードするだけで、自動で合成ロングリードを得ることができます。引き続き、お好みのアセンブラで解析してください。
- 最終的に得られるアセンブリ結果は、一般的なショートリードシークエンサー由来データよりもはるかに優れています。
メタバーコーディング解析用NGSライブラリ調製キット
16S/18S ribosomal RNA geneを対象
本キットは16Sまたは18S ribosomal RNA geneの可変領域全長を検出対象にすることができるという点で優れています。最大5ngのインプットgDNAから解像度高く菌種を同定することができます。
- 24サンプル/ライブラリで、キットは1回使い切りです。プレートの再凍結および繰り返し利用はできません。
- シークエンスは150bpあるいは300bpのペアエンド解析を行ってください。24-plexで100-150M PEあるいは50M PEリードのデータ取得が推奨されています。
- 生データをクラウドにアップロードするだけで自動で解析を行うことができ、レポート（Taxonomy Abundance、OTU Relative Abundance、Alpha Diversityなど）が作成されます。
- データベースは「silva」あるいは「Green Gene」より選択可能です。
Fungiの解析に重要な3つのマーカー（18S、ITS1、ITS2）を対象
本キットはFungiの解析に重要な3つのマーカー（18S、ITS1、ITS2）を全てスパンする、全長2,500bpを測定ターゲットとすることができるという点で優れています。10ngのインプットgDNAから解像度高く菌種を同定することができます。
- 24サンプル/ライブラリで、キットは1回使い切りです。プレートの再凍結および繰り返し利用はできません。
- シークエンスは150bpあるいは300bpのペアエンド解析を行ってください。24-plexで175-250M PEあるいは50M PEリードのデータ取得が推奨されています。
- 生データをクラウドにアップロードするだけで自動で解析を行うことができ、レポート（Taxonomy Abundance、OTU Relative Abundance、Alpha Diversityなど）が作成されます。
- データベースは「silva」、「unite community」および「EnsemblFungi」を利用しています。
研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用はできません。
同社のロゴおよびLoopSeq™ はLOOP GENOMICS社の商標です。その他全ての商標はそれぞれの所有者に帰属します。
商品ラインアップ、キット仕様およびプロトコルは予告なく変更となる場合があります。
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PacBio® Sequel/Sequel II システム
SMRT® （一分子リアルタイム）シークエンスでは、長く断片化したnative DNAを基にした自然なDNA合成を百万単位の小孔（ZMW）内で同時に行うことでデータを取得します。このSMRT® テクノロジーがPacBio® システムを支える基盤技術です。
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NGSライブラリ調製関連キット
Swift Biosciences
Swift Biosciences社は Illumina® シークエンサー、Ion Torrent™ シークエンサーあるいはPacBio®シークエンサー向けの、ユニークなライブラリ調製用キットを提供しています。ユニークなライブラリ調製技術により、様々なタイプのDNAから効率よくシークエンスデータの取得が可能です。他社キットではあきらめていた解析にも、可能性が広がります。
