パスウェイ解析ソフトウェアIPA

IPAのデータのアップロードの過程として
1. アップロードしたIDをIPA内のGeneIDにマッチングをする
2. その後にAbsent、Expression Value等のフィルターにかける
という動作をします。
その際、1.の過程で複数の入力IDがひとつの遺伝子にマージされる場合があります。
仮に2つの入力IDがひとつのGeneIDにマージされた場合、その遺伝子は2つの入力ID由来のFlagを持つこととになります。IPAでAbsentを使ってデータの切捨てをする際には、この2つのFlagのどちらか一方にでもAが入っていればFocus Geneの対象からはずされます。

一方、IPAにデータをインポートする前にFlagを使ってソートをした場合、上記のようにマージをされる入力IDの一方が消える場合があります。この場合、もう片方のIDがあるため、GeneIDにマッピングされ、Flagにも問題ない場合はそのままFocus Geneとなります。

以上のような理由で、IPAでAbsentカラムを使用する場合と、事前に絞り込んだ場合のFocus Geneの数が異なることがあります。

2006年2月2日記載

！マークの意味はAnalysis作成中のエラーを表しています。
対処法は該当Analysis結果を右クリックしてDeleteし、
再度RunAnalysisを実行して下さい。

2006年3月1日記載

「CanonicalPathwayに含まれる自分がアップロードした遺伝子数」を分子、
「CanonicalPathwayに含まれている総遺伝子数」を分母にして計算した値で
す。

例えば、自データから4遺伝子が対象既知パスウェイにマップされた場合、
・総遺伝子数が8遺伝子だった場合→Ratio値は0.50→既知パスウェイトと関連性が高
・総遺伝子数が100遺伝子だった場合→Ratio値は0.04→既知パスウェイと関連性が低
となります。

CanonicalPathwayではRatio値とSignificance値の表示変更が可能です。
Customize chartというボタンをクリックして、切り替えます。

2005年12月1日記載

Network Explorer内で右クリックをして、Hide Tool Tipsにチェックを入れるとポップアップがOFFとなります

2007年5月29日記載

カノニカルパスウェイを作成する際に参照した論文の一覧は
カノニカルパスウェイを開いている状態で
メニューFile>View Relationで見ることができます。

2008年7月7日記載

ネットワーク中のEdgeラベルはFile>Preference>Application PreferenceのGraph Preference設定で変更可能です。（IPAを再起動後に適用）

もしくは、通常のネットワーク表示とは異なりますが、Path Designerを使用することで、エッジのラベルを消すこともできます。
その際は、
1. ネットワークを開く
2. Network Explorer上側のPath Designerボタンをクリックする
3. Path Designerが開いたらCorl+Aをクリックし、全ノード、エッジを選択する
4. Edit Toolボタンをクリックし、右上Editで「Line/Edge」を選択する
5. Show Labelのチェックを外す
という作業を行ってください。

2008/10/10記載

IPAのNetworkのSocoreですが、
Fisher’s Exact Textを用いてネットワーク中にFocus Moleculues（自身がアップロードした分子で、ネットワークの一覧中に太字で表示をされている分子です。）がどれだけ有意に含まれているかをp-valueで算出し、p-valueの-logを取ったものです。たとえばp-valueが1×10^-6となった場合はネットワークスコアが-log(p-value) = 6となります。

スコアーの大小は、ネットワーク中の分子の総数が同じ場合はFocus Moleculuesが多いほどスコアが高くなります。
Focus Moleculuresの数が同じ場合はネットワーク中の分子の総数が少ない場合ほどスコアが高くなります。

2009年8月25日記載

メールの設定ですが、
メニューFile>Preferences>Application Preferencesの
Applicationタブ「E-Mail Notification」のチェックをはずすと解析終了時のメールを解除できます。

2010/12/21改定

Network表示中でDuplicate（*付で表示されているもの）されているNodeに表示されるExpression ValueはインプットしたGene IDのうち、どの値が表示されますか？

「Create Analysis」の際に右下のAdvanced Settingsをクリックすると表示されるメニューの2番目の項目でDuplicateがある際に、任意のExpression Valueの最大、最小、平均、メディアン値を持つGeneを入力Geneとして選択するかという設定が行えます。
Expression Valueの値は前述の方法で選ばれた入力Geneの値が表示されます。

2011/2/21改定

Ingenuity Pathway Analysisの各種操作ですが日、週、月、年、通算での回数制限がございます。
回数制限に達した場合は弊社までご連絡ください。

2011/2/21記載

マージ後に、共通Geneがハイライト表示されます。
2011/2/21改定

SignificanceはFisher’s Exact TestのP-valueを意味しています。
グラフでは-LOG(Significance)と表示されている通り、
P-valueのマイナスLOG値が表示されていますので、値が大きいほど
該当Functionへの有意性が高い事を意味しています。

2006年1月10日記載

画面左上部のNEWメニュー内からNew IPA microRNA Target Filterを選択することで開始できます。

IPAからのデータ出力時には、小数点以下の桁数を一定にするために-（マイナス）の代わりに−（UTFコード）が使われています。
そのため、そのままでは上手くソート出来ないため、Excelで−61.900などの「−」部分をコピーし、置換で「-（マイナス）」に変換をしてください。
そうしていただくことでソート可能となります。

2011/07/13記載

残念ながら現在IPAではカラ―バーのレジェンドは作成できません。

2011/11/25記載

IPAのPathExplorerを使用した際に経路の候補が複数ある場合の表示順ですが、根拠となる論文数の多い経路から順に表示されます。

2012/05/23記載

Bias-corrected Z-score（デフォルトでは非表示、カラムタイトル上で右クリックで表示可能）ですがSummer2012以前で使われていた値でFold ChangeなどのExpressio ValueがUpもしくはDownに偏るというバイアスの補正はされていますが、その際に偽陰性を招く恐れがあるので、Summer2012以降は補正を行わないActivation z-scoreに変更となっています。

2012/08/24記載

Upstream Regulator Analysisはデータセット上流の調整因子を探索し、その関係性を予測するツールです。

Activation Z-scoreが+2以上であれば、下流の分子の発現変動からUpstream RegulatorがActivatedと予測され、Predicted Activation欄にActivatedと表示され、-2以下であれば、Inhibitedと予測され、Predicted Activation欄にInhibitedと予測されます。

またNotes欄にBiasと表示をされているものは、下流の分子がUp regulateあるいはDown regulateに偏っていてActivation Z-scoreの値が偏りの影響を受け、統計的な信頼性を表すことができなくなり、単にUpstream Regulatorの方向性をのみを示す値となってしまいます。

Tox FunctionとListとの違いですが、下記のようになります。

Tox Function：肝毒性、腎毒性、血管毒性のクリニカルエンドポイントや表現型に関与する機能に関連する分子
Tox List：生体異物侵襲に対する適応性、防御性、修復応答などの重要な生物学的プロセスと、毒性応答やミトコンドリア毒性の応答に関わる遺伝
子を含んだリスト

2012/12/07記載

解析時などにカットオフをかけたデータセットの中で、カットオフ値を通過できなかった分子が灰色で表示されます。

2013/01/08記載

Excleで開く際にファイル>開く でファイルを選択し、
文字コードをWindows（ANSI）からUnicode（UTF-8）に選択して引くことで文字化けが解消されます。

IPAのGene View、Chem View内のTop findings from Ingenuity Knowledge Baseの分子の掲載順はFindingsの多いもが順番に表示をされてます。

2016/02/24記載

Consistency Scoreは上流調整因子から下流の疾患/機能がどれだけ一貫性かを表したものです。
全ての上流調整因子から疾患/機能への経路が同じ論文で報告されているとScoreが高くなり、別々の論文で報告されている場合はScoreが低くなります。

この値は閾値としての使用することは推奨しておりませんので推奨の値はございません。

2017/04/06改定

IPAの分子、疾患/機能間のInteractionはCausation/Leads to とCorrelationの2種類あるのですが、上記のジェックボックスにチェックを入れるとCausation/Leads toのみが用いられます。

2017/07/31記載