クラウドデータ解析ソフトウェア CDIAM Multi-Omics Studio

「統合型マルチオミクスは、それぞれのデータの総和を超える」

CDIAM Multi-Omics Studioは、科学者がマルチオミクスデータを解析・統合し、生物学の全体像を明らかにするためのウェブプラットフォームです。

CDIAMは、マイクロサービスベースのアーキテクチャを採用しており、迅速なアップデートを可能にするとともに、生物学者が容易に使用可能なグラフィカルユーザーインターフェイスを備えています。
CDIAMは、さまざまなオミクス実験や研究に共通して存在する重要な洞察を要約するのに役立ちます。

データをクラスター化して次元削減プロットで表示

ライデンクラスタリングアルゴリズムでサンプルと細胞をクラスタリングし、PCA、t-SNE、およびUMAPプロットで視覚化します。

遺伝子/タンパク質発現と代謝産物含有量を比較

サンプル、条件、空間的位置間など、多様な条件下での遺伝子またはタンパク質の発現と代謝産物含有量を比較します。バイオリンプロット、箱ひげ図、スキャッタープロット、ドットプロットなどが利用可能です。

発現変動遺伝子の探索

EdgeR、DESeq2、t検定、Wilcoxonなどの一般的な方法とXGBoostなどの機械学習アルゴリズムを使用して、2つのサンプルまたは細胞群間で発現変動する遺伝子やタンパク質を探索可能です。

エンリッチメントされたパスウェイの探索

豊富なパスウェイの中からエンリッチされたものを探索可能です。対応パスウェイデータベースには、Reactome、NCI_PID、Wikipathwaysです。カスタムデータの登録も可能です。

生物活性ネットワークの解析

ハブ遺伝子を同定し、相互作用ネットワークを提示します。