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Digital Biology

ホーム > 製品情報 > 【サービス】 Dovetail Genomics ゲノムアセンブリ完全受託サービス

Dovetail Genomics ゲノムアセンブリ完全受託サービス

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概要

Dovetail Genomics社が提供する、ゲノムアセンブリ完全受託サービスです。
お客様はサンプル(組織、DNA)を送付するだけ。
数百kbのライブラリ(シカゴライブラリ)を作成し、シークエンスします。
ショットガンシークエンスのコンティグ配列と、シカゴライブラリの配列データを使い、数メガ塩基に及ぶ、スキャフォルド配列を解析結果として納品します。

こんなあなたにお勧めです

  • N50が100kb未満、数十万本のコンティグ配列を眺めて呆然としているあなた
  • いまあるコンティグ配列を使って長いスキャフォルドを作りたい
  • もうゲノム配列を得るところで苦労したくない
  • 現在最高の技術でゲノムアセンブリをしてみたい
  • できればDNA抽出からデータ出力まですべて外注したい

シカゴメソッドによりスキャフォルドが長くなった例

生物種 ゲノムサイズ (Mbp) リードカバレッジ
(1-50kbp bined)
ドラフトアセンブリ コンティグ/スキャフォルド N50 (kbp) Dovetail スキャフォルド N50 (kbp) 伸長率
ジャガイモ 729 208x 755 5,868 8x
レタス 2,385 324x 476 6,510 14x
キャッサバ 688 51x 245 565 2x
ブルーベリー 486 141x 241 1,350 6x
テンサイ 523 71x 20 3,980 199x
キノア 1,325 59x 1,660 5,360 3x
吸血コウモリ 2,088 82x 5,498 13,814 3x
チョウ 322 55x 143 3,707 26x
ハト 1,086 38x 70 3,739 54x
チンパンジー 3,349 88x 72 9,969 138x
ヒト 3,086 39x 178 26,337 148x
カモノハシ 2,394 100x 226 5,600 25x
ダイオウイカ 2,694 52x 32 4,850 152x
アリゲーター 2,157 73x 81 21,540 265x

Dovetail社のシカゴライブラリは

  • ショットガンシークエンスで得られたドラフトアセンブリ後のコンティグ配列と合わせて解析し、スキャフォルド配列を飛躍的に伸ばすことが目的です。
  • これまで100種類以上の生物種で実績があります。
  • ペアエンドライブラリ、メイトペアライブラリとは全く異なる方法で作製され、100kb以上の距離をカバーすることが可能です。

シカゴメソッド解析パイプライン

サービスのオプションはさまざま

  • 完全デノボアセンブリサービスと、スキャフォルディングサービスの2種類があります。
  • どちらもシカゴライブラリの作製とデータ解析は必要項目です。
  • それ以外の項目(ドラフトアセンブリ、DNA抽出など)は、お客様自身で行なうこともできます。

1.完全デノボアセンブリサービス(ドラフトアセンブリもシカゴライブラリも全てお任せしたい方向け)

含まれるサービス内容

  • DNA抽出
  • ショットガンライブラリ作製
  • ショットガンシークエンス
  • ドラフトアセンブリ
  • シカゴライブラリ作製
  • シカゴライブラリシークエンス
  • HiRiseスキャフォルディング
  • 結果レポート

2.スキャフォルディングサービス(既にドラフトアセンブリのコンティグ結果をお持ちの方向け)

含まれるサービス内容

  • DNA抽出
  • ドラフトアセンブリクオリティチェック
  • シカゴライブラリ作製
  • シカゴライブラリシークエンス
  • HiRiseスキャフォルディング
  • 結果レポート

FAQ

サービスについて、テクノロジーについての詳細はこちらをご覧下さい。

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