LongPlex™ロングリードシークエンシングの断片化 &
マルチプレックス化をスケーラブルに

ハイスループット、コスト効率に優れたロングリードシークエンシングを実現

ワンステップの断片化・インデックス付加と早期サンプルプーリングにより、ライブラリ調製ワークフローが簡素化され、必要な SMRTbell ライブラリの総調製回数が削減されると同時に、SMRT Cell あたりのサンプル数が増加します。

トランスポゼースを用いた DNA 断片化とインデックス付加

LongPlex は高品質 DNA から10 kbを超える断片を安定して生成し、SMRTbell ライブラリ調製後の最終的な断片長は8 kb を超えます。より長い最終断片長を得るための LongPlex XL プロトコルも利用可能です。

8種類の異なる微生物株から LongPlex PCR フリーワークフローを用いて生成した4つの24-plex ライブラリプールの QC 結果。断片プロファイルは Agilent Femto Pulse と Genomic DNA 165kb Analysis Kit を用いて測定した。LongPlex タグメンテーション後の断片サイズは10.1～11.5 kb の範囲であった。SMRTbell ライブラリ調製後の最終プールにおける断片プロファイルは、平均サイズ10.1～12.4 kb、最頻値8.4～9.5 kb を示した。

マイクロバイアル全ゲノムシークエンシング (WGS)

• ・異なるゲノムおよび DNA インプット量において一貫したインサートサイズを実現
• ・高、中、低 GC 含量のゲノムで均一なカバレッジ
• ・PacBio SMRTbell ライブラリ調製前の等液量プーリング – 定量や濃度調整は不要

8種類の異なる微生物分離株 (ATCC) 由来の gDNA サンプル (GC含有量29～69%) を、LongPlex PCR フリーワークフローを用いて4反復で処理。LongPlex タグ付加後、サンプルを4つの24プレックスプールにプールし、精製およびビーズベースのサイズセレクションを実施した。最終 LongPlex プールは PacBio SMRTbell prep kit 3.0を用いてライブラリ調製を実施した。調製された4つの SMRTbell ライブラリをプールし、１個の Revio SMRT Cell を用いてシークエンシングを行った。

メタゲノムタクソノミープロファイリング

• ・長いリード長により、より完全かつ正確なアセンブリが可能となり、複雑なゲノム領域の解像度が向上
• ・スループットの向上と、時間・労力・シークエンシング総コストの削減を実現
• ・安定したリードカウントとシークエンシング品質

ZymoBIOMICS 微生物群集 DNA 標準品のタクソノミープロファイリング。本標準品は、8種の細菌株 (サイズ2.99～6.79Mb) および2種の真菌株 (サイズ12.10Mbおよび18.90Mb) の純粋培養由来の gDNA で構成され、GC 含量は33～66%の範囲である。理論上の組成は、各細菌株が12%、各真菌株が2%である。4反復、トータル DNA 投入量285 ng で LongPlex PCR フリーワークフローを用いて処理した。カスタム設定の Lima を用いてリードをデマルチプレックスし、タクソノミープロファイリング解析前にシークエンスデータを HiFiリード 200,000リードにランダムダウンサンプリングした。タクソノミープロファイリング解析には Kraken2 を用い、kmer 長は35とした。Bracken2 に実装されたベイズモデルを用いて、種レベルおよび属レベルの相対存在量を推定した。「Other」（灰色）とラベル付けされたリードは非マッピングリードである。

LongPlex Multiplexing Kit 仕様