正確なロングリードシークエンシングを大規模にRevio™ システム
PacBio® シークエンシングシステム 最新情報INFORMATION
概要
ラージスケール
2,500ヒトHiFiゲノム / 年
フレキシビリティ
500ngのDNAインプット量と柔軟なラン設定
演算能力
ベースコール、メチレーションコール等を装置内で実施
コストメリット
マルチユースSMRT Cellでさらにコストダウン
生物のより完全な理解へ
フェージングおよび 5mC+6mAを用いたより包括的なバリアントコール
一塩基多型、Indel、構造多型、タンデムリピート伸長、メチル化など、困難な領域を含むすべてのバリアントタイプに対して高い精度が得られます。
複雑なゲノムの真に完全なアセンブリ
テロメアやセントロメアを含む染色体中の全塩基配列を正確に構築します。
ターゲットシークエンシングで大規模な遺伝子研究
PureTarget™、ハイブリッドキャプチャまたはPCR アンプリコンによる関心領域のエンリッチメントでHiFiバリアントコールの威力を発揮させます。
シングルセルトランスクリプトーム解析
シングルセルトランスクリプトームを遺伝子のカウントからシングルセルレベルのRNAアイソフォームカタログ化へと進化させます。
Revio™システムを用いたHiFiシークエンシングによる解析
ロングリード
数万塩基の長さを持つHiFiリードによって、構造多型やタンデムリピート伸長など大きなバリアントについての解明や、通常は難しいゲノム中の反復配列へのマッピングが可能です。
卓越した精度
HiFiシークエンスでは、90%の塩基が≥ Q30、リード精度の中央値が≥ Q30 という優れた精度により信頼性の高い結果が得られます。
ネイティブなDNAからのメチル化の直接検出
HiFiシークエンシングでは、バイサルファイト処理なしに、いつでもDNAのメチル化を塩基対レベルで同定できます。
低いDNA投入量
各サンプルに必要なインプットDNA量はわずか500ngであり、Revioシステムで最も貴重なサンプルのHiFiシーケンスも可能です。
配列中のコンテクストを問わず均一なカバレッジ
最適化されたポリメラーゼを用いた、増幅を伴わないHiFiシークエンシングにより、高GC領域やタンデムリピートに対しても均一なカバレッジが得られます。
マルチユースSMRT® Cellによる安定した性能
新しいSPRQ™-Nxケミストリーは、5hmC検出機能とマルチユースSMRT Cellを統合することで、マルチオミクス解析の知見を拡大します。これにより、より安定した性能、低コスト、そしてHiFiワークフローならではの信頼性の高いシンプルさを実現します。
HG002 サンプルのシークエンス例
HiFiリードによって、母方アレルおよび父方アレルの正確な配列を明らかになり、84,000塩基からなる嚢胞性線維症遺伝子CFTRのフェージングを行えます。
SPRQ-Nx ケミストリーで研究を加速する
RevioシステムはSPRQ-Nxケミストリーを採用しており、500 ngのDNA投入量で手頃な価格のロングリードシークエンシングを実現します。これにより、研究者が重視する精度や完全性を損なうことなく、HiFiリードのコストパフォーマンスをショートリード並みに近づけています。
新しい SPRQ-Nx ケミストリー
再現性の向上、新しい5hmCメチル化検出アルゴリズム、マルチユース SMRT Cell により、より充実したコスト効率の高い HiFiワークフローを実現します。
ゲノム解析コストの削減
SPRQ マルチユースSMRT Cell 使用により、SPRQ シングルユースSMRT Cell に比べて～30%コストダウン*（*定価ベース）20x 2ヒトゲノム/SMRT Cell 1アクイジション
ワークフローの柔軟性
1 回のラン内で SMRT Cell ごとに異なるサンプルを処理することが可能。さらに、マルチユース SMRT Cell は用途を変えて活用できます。
他社テクノロジーとの比較
| PacBio HiFi シークエンシング | SBSショートリードシークエンシング | 他社のロングリード技術 | |
|---|---|---|---|
| リード長 | 15–20 kb | 2×150 bp | 10–100 kb |
| リード精度 | 99.95% (Q33) | 99.92% (Q31) | 99.26% (Q21) |
| ラン時間 | 24時間 | 44時間 | 72時間 |
| 収量 | 100–120 Gb | 2,400–3,000 Gb | 50–110 Gb |
| 変異検出—SNVs | ○ | ○ | ○ |
| 変異検出—indels | ○ | ○ | × |
| 変異検出—SVs | ○ | × | ○ |
| メチル化 | 5mC, 6mA, 5hmC | × | 5mC, 6mA, 5hmC |
| フェージング | ○ | × | ○ |
最も正確なリードを迅速に
- Revioシステムは、最先端の NVIDIA GPU を搭載しており、ベースコールや高精度リードの生成を短時間で完了させることができます。
- Googleのディープラーニングモデル「DeepConsensus4」を搭載したRevioは、これまでで最も正確なPacBioロングリードシークエンシングを実現します。GoogleのAIコーディングエージェント「AlphaEvolve」によって可能になった機能強化により、HiFiリードの精度と実用的なリード収量がさらに向上しました。
- Revioは、ディープラーニングを活用してネイティブDNA中のメチル化を特定することも可能で、5mC、5hmC、6mAを検出するための装置内コール機能も備えています。
精度を損なうことなく低コストを実現
SPRQ-Nx ケミストリーは、業界をリードするHiFi 精度と、期待通りの包括的なゲノムカバレッジを提供し、現在ではハイスループットかつ大規模な研究向けに最適化されています。
上 記は HG002/GM24385 に対して一つの Revio SMRT CellとSPRQまたはSPRQ-Nxケミストリーを用いて取得したデータです。
システム仕様
Revioシステムは、ナノスケールで製造されたRevio SMRT Cellを使用します。Revioには4つの独立したステージがあり、複数のSMRT Cellを並行してシークエンスできます。
| ライブラリ | ランタイム※2 | Q30+ bases | HiFi収量/アクイジション※3 | メチル化 |
|---|---|---|---|---|
| 0.5-5kb※1 | 12時間 | 95% | 600-800万リード | ネイティブDNAのCpGサイトの5mC、5hmCと、6mA※3 |
| 5-10kb | 24時間 | 90% | 35–70 Gb | |
| 10-15kb | 70–100 Gb | |||
| 15-20kb | 100–120 Gb | |||
| 20-25kb | 30時間 | 85% | 100–120 Gb |
※1 0.5～5 kbのライブラリは、SPRQまたはSPRQ-Nxケミストリーを用いた1回のアクイジションによるRevio SMRT Cellでのみサポートされています。
※2 ランタイムとは、データ収集ステップのことで、SMRT Cellでのシークエンシング反応に要する時間です。
※3 HiFi収量は、ライブラリの質と調製手順に依存します。本仕様の収量はベストプラクティスに従って調製した高品質なサンプルに基づいています。
※4 Revio 6mAコーラーは、Fiber-seqクロマチンアッセイでメチル化を検出するようにデザインされています。
キーアプリケーションとサンプルスループット
Revioシステムは、正確なHiFiリードを用いることで、様々なアプリケーションに対応し、1サンプルあたりわずか500 ngのインプットDNAしか必要としません。
| ライブラリー | サンプル | サンプル数/SMRT Cell | サンプル数/年※4 | カバレッジ期待値※5 |
|---|---|---|---|---|
| 0.5-5kb | アンプリコン | ＞1,000 | ＞250万 | 50x |
| 5-10kb | 微生物ゲノム | 384 | 480,000 | 30x |
| 5-10kb | PureTargetリピート伸長パネル | 48 | 60,000 | 200x |
| 5-10kb | Ampli-Fiヒトゲノム | 1 | 1,250 | 20x |
| 15-20kb | ヒトゲノム | 2 | 2,500 | 20x |
| 15-20kb | ヒトメチル化プロファイル | 8 | 10,000 | 5x |
| 15-20kb | Kinnex™ full-lengthRNA kitを用いたトランスクリプトーム | 6 | 7,500 | 1千万リード |
※4 年間サンプル数は以下の値に基づいています。12時間ラン：2,500 Revio アクイシジョン、24時間ラン：1,250 Revio アクイシジョン、30時間ラン：1,050 Revio アクイシジョン。 Adaptive loading（SMRT Cellあたり収量の一貫性を高める）とマルチユースSMRT Cellの利用は、年間あたりのSMRT Cellの最大使用数に影響を及ぼします。
※5 カバレッジ期待値は概算です。
仕様
| W × D × H | 92.7×91.4×174.5cm |
|---|---|
| 重量 | 465kg |
| 電源 | 200～240 VAC、50～60 Hz、30A |
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