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配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneious

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特長

配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneiousの特徴

Geneiousは様々なバイオインフォマティクスツールを一つにまとめた多彩なソフトウェアです。
NGSデータの解析、クローニングのシミュレーション、マイクロサテライト解析、16S rRNAを使用した生物多様性解析などが行えます。
2005年にリリースされてから、世界のTop20大学(Times Higher Education, 2012) や、大規模な製薬企業7社、
世界中の有名な研究所でも広く使用されています。

詳細

配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneiousの詳細

アラインメント

DNAやプロテインのアラインメントツール。

シーケンス解析、アノテーション、予測

配列情報への意味付けをGeneiousがお手伝い。

アセンブリ&マッピング

様々なアルゴリズムを搭載。美しいGenome Browserで結果確認。

系統樹の作成

Geneious内でシーケンスデータを解析。そのまま図示化。

分子クローニング

in silicoでベストなクローニング戦略を。結果は実験へ。

プライマーデザイン

Primer3を組み込んだ強力なツール。

マイクロサテライト解析

素早く簡単にジェノタイピング。

ワークフロー

使いやすい見た目のバイオインフォマティックワークフロー。

16S rRNA生物多様性解析

RDPを利用し、メタゲノム中の16S rRNAアンプリコンデータでデータ中の生物多様性を図示化。グラフの例を見る。

シーケンス、文献の検索

外部のデータベースやジャーナルにダイレクトに繋がる。

データのオーガナイズ

様々なファイル形式に対応。ドラッグ&ドロップで簡単インポート。

対応データ

対応データ

Format Extensions Data types Common sources
BED *.bed Annotations UCSC
Common Assembly Format *.caf Contigs Sequencher
Clustal *.aln Alignments ClustalX
CSFASTA *.csfasta Color space FASTA ABI SOLiD
DNAStar *.seq, *.pro Nucleotide & protein sequences DNAStar
DNA Strider *.str Sequences DNA Strider (Mac program), ApE
Embl/UniProt *.embl, *.swp Sequences Embl, UniProt
Endnote (8.0 or 9.0) XML *.xml Journal article references Endnote, Journal article websites
FASTA *.fasta, *.fas, etc. Sequences, alignments PAUP*, ClustalX, BLAST, FASTA
FASTQ *.fastq, *.fasq Sequences with quality Solexa/Illumina
GCG *.seq Sequences GCG
GenBank *.gb, *.xml Nucleotide & protein sequences GenBank
Geneious *.xml, *.geneious Preferences, databases Geneious
Geneious Education *.tutorial.zip Tutorial, assignment etc. Geneious
GFF *.gff Annotations Sanger Artemis
MEGA *.meg Alignments MEGA
Molecular structure *.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml,
*.gpr, *.hin, *.nwo
3D molecular structures 3D structure databases and programs
Newick *.tre, *.tree, etc. Phylogenetic trees PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
Nexus *.nxs, *.nex Trees, Alignments PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
PDB *.pdb 3D Protein structures SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
PDF *.pdf Documents, presentations Adobe Writer, LATEX, Miktex
Phrap ACE *.ace Contig assemblies Phrap/Consed
PileUp *.msf Alignments pileup (gcg)
PIR/NBRF *.pir Sequences, alignments NBRF PIR
Qual *.qual Quality file Associated with a FASTA file
Raw sequence text *.seq Sequences Any file that contains only a sequence
Rich Sequence Format *.rsf Sequences, alignments GCGs NetFetch
Comma/Tab Separated Values *.csv, *.tsv Spreadsheet files Microsoft Excel
SAM/BAM *.sam, *.bam Contigs SAMtools
Sequence Chromatograms *.ab1, *.scf Raw sequencing trace & sequence Sequencing machines
VCF *.VCF Annotations 1000 Genomes Project
Vector NTI sequence *.gb, *.gp Nucleotide & protein sequences Vector NTI
Vector NTI/AlignX alignment *.apr Alignments Vector NTI, AlignX
Vector NTI Archive *.ma4, *.pa4, *.oa4,
*.ea4, *.ca6
Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI
Vector NTI/ContigExpress *.cep Nucleotide sequence assemblies Vector NTI
Vector NTI database VNTI Database Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI

チュートリアル&コミュニティ

チュートリアル&コミュニティ

Geneiousにはアプリケーション毎にチュートリアルが用意されています。

日本語版
http://www.digital-biology.co.jp/allianced/faq/
ソフトウェア製品>Geneious>チュートリアル&ケーススタディ

英語版
http://www.geneious.com/tutorials

また、Biomatters社の運営する活発なコミュニティ(英語)も準備されています。
https://support.geneious.com/forums

動作環境

動作環境

対応OS Windows (XP/Vista/7/8/10)
Mac OS (10.8/10.9/10.10/10.11/10.12)
Linux (CentOS 6/RHEL6/Ubuntu Desktop LTS)

以下は最小構成です。
NGS関連の機能を使用する場合はデータ量に依存します。

メモリ 2GB RAM 以上
HDの空容量 2GB以上
ビデオ 1024x768以上

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配列情報マルチ解析ソフトウェア「Geneious」

※ユーザー直接購入に限ります

カード会社が発行するご利用明細書をもって領収書に代えさせていただきます。

  • Geneious Student 1年ライセンス
  • ¥38,880

学生向けライセンス。ご購入にはご所属を証明する身分証明書のコピーの提出が必要になります。

  • Geneious Student 3年ライセンス
  • ¥98,280

学生向けライセンス。ご購入にはご所属を証明する身分証明書のコピーの提出が必要になります。

  • Geneious Student 永久ライセンス
  • ¥84,240

学生向けライセンス。ご購入にはご所属を証明する身分証明書のコピーの提出が必要になります。

  • Geneious Student 永久ライセンスアップデート費用
  • ¥42,120

学生向け永久ライセンスアップデート費用。
ご購入にはご所属を証明する身分証明書のコピーの提出が必要になります。

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