配列情報マルチ解析ソフトウェアGeneious

概要

Geneiousは、さまざまなバイオインフォマティクスツールを統合したマルチシーケンスデータ解析ソフトウェアです。
コマンドラインは一切不要で、誰にでもわかりやすく簡単に、数多くの解析ツールをご使用いただけます。
ツール間のファイルの移動や変換も不要なため、アラインメント、アセンブリ、マッピング、系統樹作成、アノテーション、BLAST検索、変異検出、発現解析などの解析を一括して行うことができます。

特徴

ワークフローによる自動解析

どなたが操作しても同じデータ解析フローを再現し、安定した結果を導き出す事が可能となります。
自動化ワークフローはコマンドライン不要!自身で作成可能で、解析設定も自由に編集できます。

アラインメント

Clustal Omega, MUSCLE, MAFFTなど幅広いアルゴリズムを搭載しています。ヌクレオチド、アミノ酸どちらもアラインメントが可能で、アノテーションの付加や統計情報の表示、シークエンスの編集、変異/SNPs検出などが可能です。

アセンブリ/マッピング変異、SNPs検出/発現量解析

Geneious独自、Tadpole、Velvetなどのアセンブラ、ロングリード対応のMinimap2マッパーなどを搭載し、さまざまなリードデータをアセンブル、マッピングすることが可能です。リードのトリムも簡単に設定できます。
リファレンスシークエンスにマッピング後は、変異、 SNPs検出や発現量解析~CSV一覧までを容易に実行することが可能です。

Minimap2によるショート/ロングリード
シークエンスマッピング

Minimap2は、Oxford NanoporeとPacBioのロングリードシークエンスをマッピングするのに適した汎用性の高いアライナーです。
コマンドライン不要で、最大15%のエラーを含むリードデータをリファレンスシークエンスにすばやく簡単にアラインメントすることができます。

系統樹作成

シークエンスリストやアラインメントから、簡単に系統樹の作成が可能です。NJ、UPGMA、MrBayes、PhyML、GARLI、RAxML、FastTreeなど、さまざまなアルゴリズムを搭載しています。ノード同士の距離によるヒートマップ化やCSVの出力も可能です

16S rRNA⽣物多様性解析

16S rRNAデータ(FASTQ)を選択し、解析ボタンをクリックするだけ で、⽣物多様性をグラフにすることが可能です。本機能には追加費⽤無 し、無料でご利⽤可能なプラグインが⽤意されています。

プライマーデザイン
クローニング/CRISPRサイト検索

複数領域のプライマーの同時作成、作成したプライマーの編集、プロダクトのシミュレートも簡単に実行可能です。 二次構造、融点、GC含量も自動で計算されます。 クローニングのシミュレートや、PlasMapperによるターミネーター、制限酵素サイト、レポーター遺伝子、アフィニティタグなどのアノテーションも可能です。コドン最適化機能も搭載しています。

BLAST検索

Genbankや、ご自分で作成したカスタムデータベースに対してBLAST検索し、目的配列との相同性検索を行うことができます。
ヒットした配列をアノテーション付きでダウンロードすることや、BLAST結果からアラインメントすることも可能です。

データ選択範囲の⾃動数値計算

インポートしたデータの核酸配列・アミノ酸配列を選択するだけで、選択範囲の数値データが⾃動的に計算&表⽰されます。数値はコピー&ペーストが可能です。
⾃動計算データ例:
Length (bp), Rough Tm (°C), Molecular weight (kDa), GC content (%), Nucleotide/AA/Codon frequency (%), Isoelectric point, Charge at pH 7, Extinction Coefficient

無料プラグインによる機能の拡張

Geneiousの解析を拡張するさまざまなプラグインが無料で提供されます。詳細は下記ページをご参照下さい。
https://www.geneious.com/plugins/

対応データ

幅広いデータベース由来のファイルをドラッグ&ドロップでインポート可能です。 また、Geneiousにインポートしたファイル、NCBIからダウンロードしたデータ、解析したデータを、FASTA/FASTQ, GFF, Genbank flat, VCFなど、さまざまな形式で出⼒することも可能です。

Format Extensions Data types Common sources
BED *.bed Annotations UCSC
Common Assembly Format *.caf Contigs Sequencher
Clustal *.aln Alignments ClustalX
CSFASTA *.csfasta Color space FASTA ABI SOLiD
DNAStar *.seq, *.pro Nucleotide & protein sequences DNAStar
DNA Strider *.str Sequences DNA Strider (Mac program), ApE
Embl/UniProt *.embl, *.swp Sequences Embl, UniProt
Endnote (8.0 or 9.0) XML *.xml Journal article references Endnote, Journal article websites
FASTA *.fasta, *.fas, etc. Sequences, alignments PAUP*, ClustalX, BLAST, FASTA
FASTQ *.fastq, *.fasq Sequences with quality Solexa/Illumina
GCG *.seq Sequences GCG
GenBank *.gb, *.xml Nucleotide & protein sequences GenBank
Geneious *.xml, *.geneious Preferences, databases Geneious
Geneious Education *.tutorial.zip Tutorial, assignment etc. Geneious
GFF *.gff Annotations Sanger Artemis
MEGA *.meg Alignments MEGA
Molecular structure *.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml,
*.gpr, *.hin, *.nwo
3D molecular structures 3D structure databases and programs
Newick *.tre, *.tree, etc. Phylogenetic trees PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
Nexus *.nxs, *.nex Trees, Alignments PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
PDB *.pdb 3D Protein structures SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
PDF *.pdf Documents, presentations Adobe Writer, LATEX, Miktex
Phrap ACE *.ace Contig assemblies Phrap/Consed
PileUp *.msf Alignments pileup (gcg)
PIR/NBRF *.pir Sequences, alignments NBRF PIR
Qual *.qual Quality file Associated with a FASTA file
Raw sequence text *.seq Sequences Any file that contains only a sequence
Rich Sequence Format *.rsf Sequences, alignments GCGs NetFetch
Comma/Tab Separated Values *.csv, *.tsv Spreadsheet files Microsoft Excel
SAM/BAM *.sam, *.bam Contigs SAMtools
Sequence Chromatograms *.ab1, *.scf Raw sequencing trace & sequence Sequencing machines
VCF *.VCF Annotations 1000 Genomes Project
Vector NTI sequence *.gb, *.gp Nucleotide & protein sequences Vector NTI
Vector NTI/AlignX alignment *.apr Alignments Vector NTI, AlignX
Vector NTI Archive *.ma4, *.pa4, *.oa4,
*.ea4, *.ca6
Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI
Vector NTI/ContigExpress *.cep Nucleotide sequence assemblies Vector NTI
Vector NTI database VNTI Database Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI

動作環境

対応OS Windows (7/8/10)
Mac OS (10.8/10.9/10.10/10.11/10.12/10.13/10.14/10.15/11)
Linux (CentOS 6/RHEL6/Ubuntu Desktop LTS)
メモリ 2048 MB RAM 以上 (最小構成)
HDの空容量 2 GB 以上 (最小構成)
ビデオ 1024×768以上 (最小構成)

上記はOS以外は最小構成です。NGS関連の機能を使用する場合はデータ量に依存します。

チュートリアル

アプリケーションごとにチュートリアルが用意されています。
https://www.geneious.com/tutorials(英語)

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