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Digital Biology

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ホーム > 製品情報 > 【ソフトウェア】 配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneious

配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneious

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特長

配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneiousの特徴

Geneiousは様々なバイオインフォマティクスツールを一つにまとめた多彩なソフトウェアです。
NGSデータの解析、クローニングのシミュレーション、マイクロサテライト解析、16S rRNAを使用した生物多様性解析などが行えます。
2005年にリリースされてから、世界のTop20大学(Times Higher Education, 2012) や、大規模な製薬企業7社、
世界中の有名な研究所でも広く使用されています。

詳細

配列情報マルチ解析ソフトウェア Geneiousの詳細

アラインメント

DNAやプロテインのアラインメントツール。

シーケンス解析、アノテーション、予測

配列情報への意味付けをGeneiousがお手伝い。

アセンブリ&マッピング

様々なアルゴリズムを搭載。美しいGenome Browserで結果確認。

系統樹の作成

Geneious内でシーケンスデータを解析。そのまま図示化。

分子クローニング

in silicoでベストなクローニング戦略を。結果は実験へ。

プライマーデザイン

Primer3を組み込んだ強力なツール。

マイクロサテライト解析

素早く簡単にジェノタイピング。

ワークフロー

使いやすい見た目のバイオインフォマティックワークフロー。

16S rRNA生物多様性解析

RDPを利用し、メタゲノム中の16S rRNAアンプリコンデータでデータ中の生物多様性を図示化。グラフの例を見る。

シーケンス、文献の検索

外部のデータベースやジャーナルにダイレクトに繋がる。

データのオーガナイズ

様々なファイル形式に対応。ドラッグ&ドロップで簡単インポート。

対応データ

対応データ

Format Extensions Data types Common sources
BED *.bed Annotations UCSC
Common Assembly Format *.caf Contigs Sequencher
Clustal *.aln Alignments ClustalX
CSFASTA *.csfasta Color space FASTA ABI SOLiD
DNAStar *.seq, *.pro Nucleotide & protein sequences DNAStar
DNA Strider *.str Sequences DNA Strider (Mac program), ApE
Embl/UniProt *.embl, *.swp Sequences Embl, UniProt
Endnote (8.0 or 9.0) XML *.xml Journal article references Endnote, Journal article websites
FASTA *.fasta, *.fas, etc. Sequences, alignments PAUP*, ClustalX, BLAST, FASTA
FASTQ *.fastq, *.fasq Sequences with quality Solexa/Illumina
GCG *.seq Sequences GCG
GenBank *.gb, *.xml Nucleotide & protein sequences GenBank
Geneious *.xml, *.geneious Preferences, databases Geneious
Geneious Education *.tutorial.zip Tutorial, assignment etc. Geneious
GFF *.gff Annotations Sanger Artemis
MEGA *.meg Alignments MEGA
Molecular structure *.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml,
*.gpr, *.hin, *.nwo
3D molecular structures 3D structure databases and programs
Newick *.tre, *.tree, etc. Phylogenetic trees PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
Nexus *.nxs, *.nex Trees, Alignments PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
PDB *.pdb 3D Protein structures SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
PDF *.pdf Documents, presentations Adobe Writer, LATEX, Miktex
Phrap ACE *.ace Contig assemblies Phrap/Consed
PileUp *.msf Alignments pileup (gcg)
PIR/NBRF *.pir Sequences, alignments NBRF PIR
Qual *.qual Quality file Associated with a FASTA file
Raw sequence text *.seq Sequences Any file that contains only a sequence
Rich Sequence Format *.rsf Sequences, alignments GCGs NetFetch
Comma/Tab Separated Values *.csv, *.tsv Spreadsheet files Microsoft Excel
SAM/BAM *.sam, *.bam Contigs SAMtools
Sequence Chromatograms *.ab1, *.scf Raw sequencing trace & sequence Sequencing machines
VCF *.VCF Annotations 1000 Genomes Project
Vector NTI sequence *.gb, *.gp Nucleotide & protein sequences Vector NTI
Vector NTI/AlignX alignment *.apr Alignments Vector NTI, AlignX
Vector NTI Archive *.ma4, *.pa4, *.oa4,
*.ea4, *.ca6
Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI
Vector NTI/ContigExpress *.cep Nucleotide sequence assemblies Vector NTI
Vector NTI database VNTI Database Nucleotide & protein sequences,
enzyme sets and publications
Vector NTI

チュートリアル&コミュニティ

チュートリアル&コミュニティ

Geneiousにはアプリケーション毎にチュートリアルが用意されています。

日本語版
http://www.digital-biology.co.jp/allianced/faq/
ソフトウェア製品>Geneious>チュートリアル&ケーススタディ

英語版
http://www.geneious.com/tutorials

また、Biomatters社の運営する活発なコミュニティ(英語)も準備されています。
https://support.geneious.com/forums

動作環境

動作環境

対応OS Windows (7/8/10)
Mac OS (10.8/10.9/10.10/10.11/10.12/10.13/10.14)
Linux (CentOS 6/RHEL6/Ubuntu Desktop LTS)

以下は最小構成です。
NGS関連の機能を使用する場合はデータ量に依存します。

メモリ 2GB RAM 以上
HDの空容量 2GB以上
ビデオ 1024x768以上

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