近接ライゲーションテクノロジーDovetail™ Genomics

ゲノムアセンブリ受託サービス

受託サービス 主な特徴

サンプルを送付するだけの一括サービス

DNA抽出から近接ライゲーションライブラリ作成、シークエンス、データ解析までを一括して行うことができます。

あらゆる種類の生物で高い実績

陸上/海洋動物、昆虫、植物など、これまでに1,000件を超えるゲノムアセンブリの実施経験があります。

フレキシブルな解析オプション

PacBio Sequel II シークエンス、ドラフトアセンブリ作成、TAD解析、フェージング、ゲノムアノテーション、RNA-seqなど。

最高品質のデータ納品まで4~5ヶ月

高分子DNA抽出の開始からゲノムアセンブリデータの納品まで。
(別途サンプル輸送期間が必要です)

近接ライゲーションのプロフェッショナルによる信頼性の高いプロジェクト

サンプル送付からデータ納品までの標準的パイプライン

ドラフトアセンブリ(N50 > 100 kbp)をお持ちの場合は、PacBioシークエンスによるドラフトアセンブリ作成を除くこともできます。

近接ライゲーションライブラリ作成ワークフロー

Omni-C™では、エンドヌクレアーゼによる断片化により、制限酵素サイトに依存せず、ゲノム全体にわたって均一なカバレッジが得られます。

お持ちのデータ、目的のデータに応じて、必要な解析を組み合わせることが可能。

DENOVO ASSEMBLY

  • PacBio CLR × Falconアセンブル
  • PacBio CCS × Peregrineアセンブル(近日開始予定)

GENOME SCAFFOLDING

  • 近接ライゲーションライブラリ作成+イルミナシークエンス
  • HiRise™ 解析 (スキャフォルディング+TAD解析)
  • フェージング(2倍体)(PacBio CCSが必要です)

GENOME ANNOTATION

  • ゲノムアノテーション
    (パイプラインによるアノテート+5/55遺伝子マニュアルキュレート)

RNA SEQ

  • RNA-seq解析(近日開始予定)

サンプル送付だけで、あらゆる生物種から最高品質のゲノムアセンブリを作成

対応サンプル

動物組織/細胞、昆虫、海洋生物、植物組織 100 mg~数 g程度 (新鮮凍結サンプル)
サンプルのご準備・輸送方法についての詳細は、サンプル準備ガイドをご用意しておりますので、お問い合わせください。

納品データ

ゲノムアセンブリデータ(FASTA, BAMフォーマット)、解析レポート
DNA抽出から近接ライゲーションライブラリ作成、シークエンス、ゲノムアセンブリまでの場合。

イネ科植物ウマノチャヒキ(Bromus tectorum)のデノボアセンブリ例

PacBioのリードを用いて作成したドラフトアセンブリ(Input Assembly)と、Dovetail™ Omni-C™近接ライゲーションライブラリを使用して、HiRise™によるゲノムアセンブリDovetail™ HiRise™ Assembly)を行った結果を示しています。

左のコンタクトマトリクスは、作成したゲノムアセンブリが7本の染色体レベルまで到達していることを明確に示しています。

サービス仕様

Dovetail™ De Novo Genome Assembly Project
カタログ番号 #20012
受託解析内容 高分子DNA抽出、
PacBioシークエンス、ドラフトアセンブリ作成、
近接ライゲーションライブラリ作成、
イルミナシークエンス、HiRise™解析
納期 4~5ヶ月
Dovetail™ Scaffolding Project
カタログ番号 #20011
受託解析内容 近接ライゲーションライブラリ作成、
イルミナシークエンス、HiRise™解析
納期 約3ヶ月
Dovetail™ Genome Annotation Project
カタログ番号 #8010
#8011
受託解析内容 Dovetail™ Genome Annotation Pipelineによるゲノムアノテーション
+ 5遺伝子マニュアルキュレーション(#8010)
+ 55遺伝子マニュアルキュレーション(#8011)
納期 1~2ヶ月

各種情報

Dovetail Genomics ウェブサイト(英語)

ケーススタディ(英語)

近接ライゲーションテクノロジー「Dovetail™ Genomics」の
カタログを請求する無料

お問い合わせ

  • お気軽にお問い合わせください。
  • TEL:03-6240-0843

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