近接ライゲーションテクノロジーDovetail Genomics®

バリアント解析の成果物

• アラインメントデータとインデックスファイル (.bam/.bai)
• 構造バリアント（SV）のコール (.bedpe)
• SNV/InDelのコール (.vcf)
• CNV (.tsv)
• DNA共局在マトリックス (.mcool/.hic)
• バリアントサマリーレポート (.html)
  • SV ブレークポイントの位置
  • SV バリアントアレル頻度 (VAF) スコア
  • SV リードサポート
  • SNV/InDel コールのアノテーション
  • コピー数が変化したがん関連遺伝子
  • IGV、Juicebox、SV 解釈ツールを使用したインタラクティブセッション

エピジェネティクス解析（全ゲノム）の成果物

• マトリクスファイル (.hic, .cool, .mcool)
• アラインメントファイル (.bam, .bai)
• 有効ペアファイル (.gz, .px2)
• Pairtools 統計ファイル (.csv)
• Fan-C ABコンパートメントコール (.ab, .bed)
• IGV用インデックス付きファイル (.bed.gz, .bed.gz.tbi, .bedgraph.gz, .bedgraph.gz.tbi)
• Arrowhead TADコール 5, 10, 25kb (.txt)
• IGV用インデックス付きファイル (.bed.gz, .bed.gz.tbi)
• Mustache ループコール 5, 10kb (.tsv)
• IGV用インデックスファイル (.bedpe.gz, .bedpe.gz.tbi)
• Hiccups ループコール 5, 10kb (.bedpe)
• エピジェネティクス（全ゲノム）サマリーレポート (.html)

エピジェネティクス解析（Targeted Enrichment）の成果物

• マトリクスファイル (.hic, .cool, .mcool)
• アラインメントファイル (.bam, .bai)
• 有効ペアファイル (.gz, .px2)
• Pairtools 統計ファイル (.csv)
• エンリッチメント統計ファイル (.txt)
• Chicago解析ファイル 10, 20kb (.ibed, .txt, .png)
• エピジェネティクス（Targeted Enrichment）サマリーレポート (.html)

エピジェネティクス解析（HiChIP）の成果物

• マトリクスファイル (.hic, .cool, .mcool)
• アラインメントファイル (.bam, .bai)
• 有効ペアファイル (.gz, .px2)
• Pairtools 統計ファイル (.csv)
• FitHiChIP ループの解析結果 (.ibed、.txt、.png （.tar.gzで圧縮）)
• エピジェネティクス（HiChIP）サマリーレポート (.html)

エピジェネティクス比較解析の成果物

• ユニーク/一致する特徴リスト (.txt)
• 主要な差異領域のプロット (.png （.tar.gzで圧縮）)
• 関心領域のプロット (.png （.tar.gzで圧縮）)
• Raw ビンレベルの比較結果 (.txt)
• Gene Ontology 解析結果 (.txt)
• エピジェネティクス比較サマリーレポート (.html)