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Digital Biology

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ホーム > 製品情報 > 【ソフトウェア】 マイクロアレイデータ解析「GeneSpring」

マイクロアレイデータ解析「GeneSpring」

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特長

マイクロアレイデータ解析 「GeneSpring」の特徴

GeneSpringは遺伝子発現アレイなどの数値解析、生物学的解析など、さまざまな機能を搭載したデータマイニングソフトウェアです。遺伝子発現解析機能に加え、miRNA、RealTimePCR、CNV、SNP、Pathway解析等も行う事が可能です。

素早く簡単なデータ処理

大量のプローブを含むマイクロアレイのデータ(※1)から興味のある遺伝子を抽出・分類し、遺伝子群に意味づけを行うまでが、ボタンをクリックしていくだけで簡単に完了します。
解析の流れの例を示したワークフロー付きなので、GeneSpringが、解析方法に悩まれる時間を軽減します。解析時間もおよそ30分(※2)と、短い時間で解析結果を出すことができます。 ※2 Agilentアレイ(遺伝子発現データ)の解析・データのエクスポートにかかる時間

※1 データ取込み時間例

プラットフォームアレイ数取込所要時間ファイル形式ファイルサイズ(MB/1file)PCメモリ(GB)
Agilent 遺伝子発現解析612秒txt18
miRNA解析1618秒txt58
Affymetrix発現解析121分50秒CEL138
ExonSplicing解析62分30秒CEL658
CNV解析741時間15分CEL3232

※Windows 7(CNVのみWindows XP) 使用の場合

論文数はNo.1

GeneSpringを利用した論文数は、PubMedで130報を超えており、マイクロアレイ解析ソフトのスタンダードです。

論文数他社比較
GeneSpring130報
A社18報
B社14報

※2011年5月25日のPubMedより

充実のサポート

GeneSpringで可能な解析

GeneSpringで可能な解析

GeneSpringをご購入頂いた場合、下記2つのモジュール用にライセンスが付与され、両方を御利用頂けます。

GeneSpringGX

マイクロアレイの発現解析、Exon解析、miRNA解析、SNP/CNVアレイ解析、GWAS解析用モジュール

豊富な種類の下記プラットフォームでの解析に加え、発現解析×miRNA解析の様な、異なるプラットフォームを組み合わせた統合データ解析が可能。

遺伝子発現データ
Agilent、Affymetrix、Illuminaのカタログアレイに対応。その他のメーカーのアレイでも、テキストファイルをご用意頂ければカタログアレイと同じく数値解析が可能です。
miRNAアレイデータ
AgilentのmiRNAアレイに対応。miRNAのターゲット候補遺伝子を探索するTarget Scanも搭載されているため、特定のmiRNAの発現によって発現変動している可能性のある遺伝子を探索することができます。
Exonアレイデータ
Affymetrix、AgilentのExonアレイに対応。Agilentでは遺伝子レベルとExonレベルでのスプライシング解析をサポート。TranscriptやExonの情報を視覚化するツールも充実しています。
SNP/CNVデータ
Affymetrix、Illuminaアレイを用いたSNPケースコントロールスタディ及びコピーナンバーバリアント解析に対応しています。
GeneSpringPA

既知のパスウェイを使用した解析、Agilentの相互作用データを使用したネットワーク解析用モジュール

自然言語処理により構築された文献情報由来の相互作用を利用して遺伝子、タンパク質、代謝産物でパスウェイを描いたり、BioPaxやWikipathwayを用いた既知のパスウェイとの関連性を調べることが可能です。

miRNA発現アレイデータ

Pathway解析可能な生物種
ヒト
マウス
ラット
ショウジョウバエ
シロイヌナズナ
出芽酵母
線虫
大腸菌
枯草菌
コナミドリムシ
結核菌
アカパンカビ
イネ
熱帯熱マラリア原虫
トウモロコシ

解析の流れを導くワークフロー

GeneSpringの解析の流れを導くワークフロー

アレイのプラットフォーム毎に使用しやすいワークフローを搭載。データを最適化するクオリティコントロール(QC)→統計検定→Pathway解析のように配置されたワークフローを進んでいくだけで、どなたでもスムーズに解析を進めていくことができます。

発現解析

  • QC
  • ▼
  • 統計検定
  • ▼
  •  
  •  
  • Fold解析
  • ▼
  • クラスタリング
  • ▼
  • GSEA解析

miRNA解析

  • QC
  • ▼
  • 統計検定
  • ▼
  • TargetScan
  • ▼
  • GO解析
  •  
  • ▼
  • Pathway解析
  • Pathway解析

Exon解析

QC

▼

Exonスプライシング
統計解析

▼

スプライシングインデックス
によるフィルター

 

Quality Controlツール

Quality Controlツール

QC

▼

共通のCNVバリアントの探索

▼

Copy Neutral LOHフィルター

▼

Parent Specific Copy Number フィルター

Quapty Controlツール

生物学的解析機能

データ解釈のための多様なビジュアライズ機能

改良されよりパワフルになったGenome Browser機能により遺伝子発現、CNV、SNP情報等を統合表示しマルチオミクスデータのビジュアライズをサポートします。

生物学的解析機能

GeneSpringの生物学的解析機能

異なるメーカーのアレイ間や、相同遺伝子を利用した生物種間での遺伝子リストのやり取りが可能です。

マルチオミクス解析に対応

外部データ、サードパーティとの連携

GEOデータの取り込み

NCBI Gene Expression Omnibusに公開されているアレイデータを取込んで解析を行うことが可能です。ご自分のデータとの比較解析も行えます。
(すべてのGEOデータの取り込みを保証するものではありません)

他のソフトウェアとの連携

Ingenuity Pathways Analysis(IPA)、MetaCore、Cytoscapeへのデータアップロードなどの連携が可能です。

Rとの連携

R Editorが搭載されているため、Rのスクリプトを利用した解析が可能です。

GeneSpringGX11.5の対応データ

GeneSpringの対応データ

対応データ対応プラットフォームファイル形式
AffymetrixAssociation AnalysisGenome-Wide Human SNP Array 6.0/5.0
Human Mapping 500K Array Set/100K Set
CEL
AffymetrixCopy NumberGenome-Wide Human SNP Array 6.0/5.0
Human Mapping 500K Array Set/100K Set
CEL
Affymetrix Exon ExpressionGeneChip® Gene/Exon ST array CEL/CHP
Affymetrix Exon Splicing GeneChip® Gene/Exon ST array CEL/CHP
Affymetrix ExpressionGeneChip®3’ Expression Arrays CEL/CHP/TXT
Agilent Single Color Single Color DNA Microarrays TXT
Agilent Two Color Two Color DNA Microarrays TXT
Agilent miRNAmicroRNA Microarrays TXT
Agilent Exon Single/Two color Exon Microarrays TXT
Illumina Association Analysis BeadChipsTXT
Illumina Copy Number BeadChipsTXT
IlluminaSingle ColorBeadChipsCSV/TSV/TXT
Generic Single Color カスタムアレイ(一色法)CSV/TSV/TXT
Generic Two Color カスタムアレイ(二色法)TXT
Pathway Experiment   TXT
Real Time - PCR ABI 7900HT Fast Real Time PCR System TXT

GeneSpringの動作環境

Platform OS メモリー HDD空き容量
(データ領域は別途必要)
ディスプレイ
PC(32bit) Windows Vista
Windows 7
Windows 8
Windows 10 ※4
4GB 30GB以上 ※2 1024 x 768以上
PC(64bit) Windows Vista
Windows 7
Windows 8
Windows 10 ※4
4GB ※1 30GB以上 ※2 1024 x 768以上
Mac Mac OS X 10.9, 10.10, 10.11, 10.12 4GB ※1 30GB以上 ※2 1024 x 768以上
開発元 アジレント・テクノロジー株式会社
URLhttp://www.agilent.com/chem/jp
  • ※1 SNPやコピーナンバー等の大量のデータを解析する場合、メモリ8GB以上を推奨しております。
  • ※2 全Sampleファイルサイズの5倍以上のデータ領域が必要になります。
  • ※3 GeneSpringは解析に必要な情報をインターネット経由でダウンロードするため、インターネット接続環境でお使い頂くことを推奨しております。
  • ※4 上記はクリーンインストール時の対応OSです。Windows10に対応しましたが、GeneSpringをインストールしたままのWindows10へのOSアップデートは決して行って頂きませんようお願い致します。
    詳細につきましては、 までお問い合わせください。

GeneSpringの動作環境

  • Q&Aやレベル別のトレーニングを開催!
    お申込みは:http://www.digital-biology.co.jp/allianced/workshop/
     <レベル別トレーニング内容>
      ▼ Presentation:初心者コース
      ▼ Middle:中級者コース (ハンズオントレーニング)
      ▼ Advanced:上級者コース (ハンズオントレーニング)
  • 訪問サポート(別途お見積り致します)
  • 電話、メールでの問合せ無償

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