NGSライブラリ調製関連キットShoreline Biome
Shoreline Complete™/Wave™ シリーズ概要
メタ16S解析研究を困難にしている要因の一つに、gDNA抽出法が微生物種情報の取得にバイアスをもたらす点が挙げられます。Shoreline Biome社はBead Beatingのような煩わしい手順を踏まずに、微生物由来gDNAを効率よく抽出し、ターゲット部位の増幅までが可能なキットを提供します。
「何が溶解できていないのか？」をうかがい知るのは難しい
シークエンス結果、何かを見落としているかも？
Shoreline Biome社はそのような不安を払拭することができる画期的なキットを提供します。
独自の化学溶液で微生物を溶菌とし、最適なPCRプライマーと条件により対象を効率よく増幅するのみならずシークエンス後の解析ツールまで提供します。（illumina用キットを除く）
Complete シリーズ抽出・精製～アンプリコン作製まで
検体の溶解試薬、磁気ビーズベースの精製試薬およびアンプリコン作製用試薬を含むフルセット
おすすめポイント ＝ 溶解試薬 ＝ Shoreline Biome Rapid Prep
- Bead Beating不要・加熱のみでバイアスなく高効率に溶菌
- ハンズオンタイムは15分・サンプル精製までも2時間で終了
- グラム陽性フィルミクテス門の細菌由来gDNAも効率よく抽出
Wave シリーズ
精製gDNAサンプル対象、アンプリコン作製のみの試薬セット
for illumina®、for PacBio®、for Oxford Nanopore Technologies
for illumina®
本キットではsingle step PCRにより、そのままライブラリとして機能するアンプリコンを得ることができます。シークエンス後は、お好みの解析法・データベースをお選びください。
for PacBio®
本キットではPacBioシークエンスに適したロングアンプリコンを得ることができます。ご自身でSMRTbellを調製してください（キットに含まれておりません）。
得られた生リードはSMRT LinkによりCCSにしてから、専用の解析環境に供します。SBanalyzer™により全体CCSから検体ごとの情報に振り分けます。株レベルの情報を得るためには、専用のAthena™データベースを利用します。
for Oxford Nanopore Technologies
本キットではOxford Nanopore Technologies (ONT)シークエンスに適したロングアンプリコンを得ることができます。ご自身でONT® Ligation Sequencing Kitを用いてライブラリを調製してください（キットに含まれておりません）。
得られたデータはSBanalyzer™により検体ごとの情報に振り分けます。より精度の高い属、種レベルの情報を得るためには、専用のAthena™データベースを利用します。
他製品との比較
Shoreline Complete™
- サンプル調製は2時間で終了
- ハンズオンタイムは15分！
- 素晴らしいサンプル溶解能力
- Subspeciesレベルの解像度（StrainID kitの場合）
他社製品
- サンプル調製には10-15時間必要
- ハンズオンタイムは6-10時間…
- キットによって溶解困難な生物種が存在する
- Family/Genusレベルの解像度
パフォーマンス
フィルミクテス門の微生物も効率よく抽出（illumina® ）
5人のfecalサンプルを2種類のgDNA法に供し（本キットSLB、およびQ社のBead Beating法）、得られた門レベルのシークエンス分類が全体に占める割合を評価しました。本キットの使用によりフィルミクテス門の微生物（■）でも効率よく抽出できたことが示されました。
V1-V9測定で出来ることには限りがある（PacBio®）
たとえPacBio®でV1-V9領域（■）を読んでも、illumina® V1-V3領域（■）との1000bpの差はさほどの高解像度をもたらすことはできません。さらに1000bpを読み足し、独自のAthena™データベースを使うことで（■）、結果は飛躍的に向上します。
アンプリコンで株レベルの分類が可能（PacBio®，Strain ID）
院内感染菌の一種として知られているClostridium difficileですが、データベース情報の限界からRDPやSILVAでは高レベルの解析は不可能です（■）。同じStrain IDキット由来のアンプリコンデータをオリジナルのAthena™データベースで解析すれば、株レベルの解析が可能です。
Athena™データベースはキット購入者は無償利用可能
精度の高い分類が可能（Oxford Nanopore Technologies，NanoID™）
従来の16Sシークエンスと比較し、NanoID™とAthena™データベースを使用することで、Genus、Speciesレベルの同定が約2倍に向上します
SBanalyzerとAthena™データベースを用いた解析では、より正確な属と種の分類結果が得られ、誤りも非常に少ない。BLAST 16Sデータベースでは、種レベルで約45%の分類が誤っています。
Athena™データベースはキット購入者は無償利用可能
商品情報
for illumina®
| 製品名 | 解析対象領域 | 解析レベル | 反応数・備考 | Complete Kit品番 | Wave Kit品番 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shoreline Complete™ V1-V3 Set A/Set B (plate) | 16S, V1-V3領域 （526bp） |
Genus | 1反応・96インデックス込 | SCV13-A/SCV13-B | WAVEV13-A/WAVEV13-B |
| Shoreline Complete™ V4 Set A/Set B/Set C (plate) | 16S, V4領域 （254bp） |
Phylum | 1反応・96インデックス込 | SCV4-A/SCV4-B/SCV4-C | WAVEV4-A/WAVEV4-B/WAVEV4-C |
for Pac Bio®
| 製品名 | 解析対象領域 | 解析レベル | 反応数・備考 | Complete Kit品番 | Wave Kit品番 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shoreline Complete™ V1-V9 Set A (plate) | 16S, V1-V9領域 （1,506bp） |
Species/Strain | 1反応・96インデックス込 | SCV19-A | WAVEV19-A |
| Shoreline Complete™ V1-V9 Set Z (tubes) | 16反応・16インデックス込 | SCV19-Z | WAVEV19-Z | ||
| Shoreline Complete™ StrainID Set A (plate) | 16S+ ITSs + 23Sの一部 （2,455bp） |
Strain | 1反応・96インデックス込 | STRAIN-A | WAVESID-A |
| Shoreline Complete™ StrainID Set Z (tubes) | 16反応・16インデックス込 | STRAIN-Z | WAVESID-Z |
for Oxford Nanopore Technologies
| 製品名 | 解析対象領域 | 解析レベル | 反応数・備考 | Complete Kit品番 | Wave Kit品番 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shoreline Complete™ NanoID™ Set A | 16S+ ITSs + 23Sの一部 （2,455bp） |
Species | 1反応・96インデックス込 | NANO-A | WAVENID-A |
| Shoreline Complete™ NanoID™ Set Z | 16反応・16インデックス込 | NANO-Z | WAVENID-Z |
細胞溶解試薬
| 製品名 | 反応数・備考 | 品番 |
|---|---|---|
| Shoreline Biome Rapid Prep | 細胞溶解試薬のみ16 or 96サンプル用 | RPID-16/RPID-96 |
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