インジェヌイティー パスウェイ アナリシス 「IPA」の特徴
IPAはマイクロアレイやメタボロミクス、プロテオミクス、RNA-Seqなどの実験より得られたデータをもとにして生物学的な機能の解釈やパスウェイ解析を行うことができるソフトウェアです。豊富な相互作用情報や分子情報がデータベース化されているので分子生物学の辞書としてもお使い頂けます。
>> PubMedへのリンク(Ingenuityで検索した結果)
論文投稿用の美しいパスウェイ描画機能付き！
IPA 論文での引用実績数
IPAを使用して書かれた論文は下記より検索して頂けます。
http://www.ingenuity.com/?s=ingenuity&t=1
「IPA」の遺伝子、タンパク、代謝産物リストの解析
医学・生物学のエキスパートであるPh.D.保持者により論文を全文読んで抽出された知見に対し、更に厳しいクオリティコントロールを行った高精度のデータベース（Ingenuity Knowledge Base）。ウィークリーで更新され、ログインすればすぐ最新情報にアクセスできます。
■Ingenuity® Expert Findings
キュレーターにより論文やトップジャーナルを全文読んで得られた、実験的に証明されている知見
■Ingenuity® ExpertAssist Findings
比較的最近発行された幅広いジャーナルを対象に論文のアブストラクトをコンピュータで読み込み、 人によって精査された知見
■Ingenuity® Expert Knowledge
Ingenuity Systems社がモデル化したシグナリングパスウェイやメタボリックパスウェイ、 医薬品/ターゲット分子/疾病の関係、毒性のリスト等
■Ingenuity® Supported Third Party Information
厳選された公共データベース由来のコンテンツ
化合物、タンパク質、遺伝子、複合体、細胞、細胞内小器官、組織、医薬品、細胞プロセス、疾病、臨床表現型などの情報
「IPA」の遺伝子、タンパク、代謝産物リストの解析
■オミックデータの解析
オミックスデータの関連するシグナリングパスウェイ、 メタボリックパスウェイ、分子ネットワーク、 生物学的プロセスを判断
○パスウェイ上でmRNA、microRNA、タンパク質、代謝産物の変化を理解可能
○対象とする遺伝子群に統計的に有為に関わる疾病や生物学的機能を同定
○上流制御因子の活性化状態を遺伝子データセットから予測
○興味のある遺伝子リストやタンパク質リストにフォーカスしたネットワークや生物学的機能を表示
○RNA-Seqデータセット（FPKM/RPKM使用）の生物学的解釈
○プラットフォームや経時変化、薬剤投与量、検体数の異なる実験の比較
■microRNA-mRNAの統合解析
microRNAデータセットの生物学的解釈を、microRNA-mRNAのペアリングツールとmRNAのフィルタリングツールで実現
○TargetScan、TarBase、論文よりキュレートされた知見から、microRNAのmRNAターゲットを予測
○microRNAとmRNAの発現値のペアリング、フィルタリングをすることで相互作用のある可能性の高いmRNA-microRNAの組合せを検出
○ターゲットとしてのmRNAを、生物種、疾病、組織、パスウェイ、細胞株などでフィルタリング可能
遺伝子、化合物、疾病、生物学的機能、パスウェイを検索し、詳細な働きや関わる分子を閲覧可能
更に検索結果に特定の遺伝子リスト、医薬品、バイオマーカー等が関連するかオーバーレイすることもできます
（例）
・肥満に関連するタンパク質受容体を検索
・血管新生に関連する遺伝子を検索し、それらの遺伝子が関連するシグナリングパスウェイの検索
・前立腺がんや転移促進性のがん関連遺伝子をターゲットとする医薬品の検索
・臨床でバイオマーカーとして使用されている疾病関連遺伝子のサブセットを検索
他のソフトウェアとの連携
GeneSpringGX、RosettaResolver、Spotfireとの連携機能により、IPAへの発現情報等のアップロード、IPAで絞り込んだ分子情報の各ソフトへの取り込みという双方向のやり取りが可能です。
解析可能な実験系
○マイクロアレイ ○microRNA ○mRNA ○qPCR ○プロテオミクス ○ジェノタイピング ○RNA-Seq
対応ID
■General Genomic Analysis
・Entrez Gene (LocusLink)
・GenBank
・Gene Symbol - mouse (Entrez Gene)
・Gene Symbol - rat (Entrez Gene)
・Gene Symbol – human
(HUGO/HGNC, Entrez Gene)
・UniGene
・dbSNP
■Next Generation Sequencing
・RefSeq
・Ensembl
・UCSC hg18
・UCSC hg19
■Transcriptomic Analysis
・Affymetrix
・Affymetrix Transcript Transcript Cluster ID(Exon Arrays) ※1
・Affymetrix SNP
・Agilent
・Illumina
・Codelink
・Applied Biosystems
■Proteomic Analysis
・GenPEPT
・GI number
・International Protein Index
・UniProt/Swiss-Prot Accession
■Metabolomic Analysis
・CAS Registry Number
・KEGG
・PubChem CID
・Human Metabolome Database
(HMDB)
■microRNA
・miRBase (mature)
・miRBase (stemloop)
※1 Affymetrix のExon Arrays [ Human, Mouse, Rat 1.0 ST ] に限る
※最大100,000 行の ID を一度にアップロードすることができます。
※異なる種類の ID が混在していてもアップロードすることができます。
対応生物種
- · Human(ヒト)
- · Mouse(マウス)
- · Rat(ラット)
- · 下記生物種の特有遺伝子は、HomoloGeneのOrtholog情報によりヒト・マウス・ラット遺伝子にマッピングされます
-
- Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ),Bos taurus (ウシ)
- Caenorhabditis elegans (線虫),Canis lupus familiaris (イヌ),Danio rerio (ゼブラフィッシュ),
- Drosophila melanogaster (ショウジョウバエ),Gallus gallus (ニワトリ),Macaca mulatta (アカゲザル),
- Pan troglodytes (チンパンジー),Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母),Schizosaccharo-myces pombe (分裂酵母)
情報量
・遺伝子 ヒト 19,200 マウス 15,000 ラット 8,000
・化合物 132,000
・論文ベースの知見 3,000,000
右記の著名ジャーナルを含む500以上のジャーナルからヒト、マウス、ラットの分子生物、遺伝子、遺伝子産物、低分子情報をPhD.クラスの科学者により全文（図表も含む）から抽出し、さらにインジェヌイティー独自のオントロジーによりデータベース化しています。さらに広範囲な論文から人手によりレビューされた自然言語処理によって抽出されたナレッジも収集されています。
- American J. Pathology
- Arteriosclerosis, Thrombosis and
Vascular Biology - Biochemistry
- Blood
- Cancer Research
- Cell
- CurrentBiology
- Development
- EMBO
- European J. of Immunology
- FASEB Journal
- Genes and Development
- Hypertension
- Immunity
- J.Biological Chemistry
- J.Cell Biology
- J.Experimental Medicine
- J.Immunology
- J.Lipid Research
- J.National Cancer Institute
- J.Neuroscience
- Molecular and Cellular Biology
- Molecular Biology of the Cell
- Molecular Cell
- Nature
- Nature Cell Biology
- Nature Genetics
- Nature Medicine
- Neuron
- Oncogene
- Proc. National Acad. Sciences USA
- Science
IPAの解析例
Ingenuity社開催の解析例のセミナーを下記よりご覧いただけます。
http://www.ingenuity.com/science/scientific-seminar-series.html
IPAの仕様・動作環境
| Windows | |||
|---|---|---|---|
| OS | Windows 7 | ||
| Windows 8 | |||
| Windows 10 | |||
| Browser | IE6 以降 | ||
| Firefox 5 以降 | |||
| Chrome 10 以降 | |||
| Java | JRE 1.7.0_xx | ||
| JRE 1.8.0_xx | |||
| Mac | |||
|---|---|---|---|
| OS | OS 10.12 Siera | ||
| OS 10.13 High Sierra | |||
| OS 10.14 Mojave | |||
| Browser | Firefox 5 以降 | ||
| Safari 5.0.5 以降 | |||
| Chrome 10 以降 | |||
| Java | JRE 1.7.0_xx | ||
| JRE 1.8.0_xx | |||
※上記を満たさない場合やご所属の機関のセキリテレベルによりJava WebStartでログインが出来ない場合は
https://analysis.ingenuity.com/pa/login/applet.jspからログインしてApplet版をご利用下さい。
※Ingenuityのサーバーにログインして解析を行うため、インターネット接続が必須になります。
※WebStart版、Applet版の他に、IPA Clientが利用できるようになりました。
下記よりご利用のOSのバージョンに合ったインストーラーをダウンロードし、
インストールして頂くと、デスクトップやDockからIPAが起動できるようになります。
https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/select
IPA（インジェヌイティー パスウェイ アナリシス）のカタログを請求する
IPAの関連商品
マイクロアレイデータ解析
GeneSpring
GeneSpringはマイクロアレイやReal-Time PCRの数値解析・生物学的解析等、様々な機能を搭載したデータマイニングソフトウェアです。数値的な遺伝子の絞込みのみに留まらず、GSEA・GeneOntology・パスウェイ・ゲノムブラウザのような充実の生物学的解析機能が付加されております。
