TEXT SIZE

  • 小
  • 中
  • 大

CLOSE

Digital Biology

ソフトウェア 機器 試薬・消耗品
パスウェイ解析IPA 一分子リアルタイムDNAシークエンサーPacBio RSII/Sequel System 標識抗体・試薬BioLegend
バリアントデータ解析ツールVariant Analysis 高速細胞イメージングシステムCeligo S DNA精製キットPrinceton(プリンストン)
配列情報マルチ解析ソフトウェアGeneious 細胞自動カウント・生死判別Cellometer(セロメーター) エンドペプチターゼPrinceton(プリンストン)
次世代シーケンスデータ解析ソフトウェアStrand NGS 超高速NGSデータ解析サーバーDRAGEN BAC DNA 抽出キットPrinceton(プリンストン)
マイクロアレイデータ解析GeneSpring 3次元培養Synthecon(シンセコン) si/miRNA 試薬・RNAi研究用試薬Genolution
フローサイトメトリーデータ解析FlowJo 微小電気信号検出・解析Alpha Omega(アルファオメガ) NGSライブラリ調整キットAccel-NGS
FCSデータ解析・共有ソフトウェアCytobank モンキーチェア / レコーディング
チャンバー etc.
Crist(クリスト)
ゲノムアセンブリ完全受託サービスDovetail Genomics
マルチカラーパネルデザイン
オンラインツール
Fluoro Finder
レーザーマイクロダイセクションCellCut Plus  
オリゴプローブモデリングVisual OMP キャピラリーシングルセルソーティングシステムCellEctor Plus  
顕微鏡イメージ解析・
Fig作成支援ソフトウェア
Cytosketch
   

ホーム > 製品情報 > 【機器】 一分子リアルタイムDNAシークエンサー PacBio®RS ll/Sequel™ System

一分子リアルタイムDNAシークエンサー PacBio®RS ll/Sequel™ System

関連商品を確認する

この商品のカタログを請求する(無料)

PacBio® RS II/SequelTM System

PacBio® RS II/SequelTM System

PacBio RS II/Sequel Systemは一分子レベルでリアルタイムに塩基を読み取ることができるシークエンサーです(SMRT®DNAシークエンシング技術)。ほかのどの技術よりもはるかに長いリード(平均10,000bp)が出力されます。GCバイアスの無いキロベース単位の超ロングリードが均一のカバレッジで出力されることにより、バクテリアだけでなく、それ以上のゲノムサイズの生物のde novoアセンブリに大きく貢献します。

  RS II Sequel System
  new
日本販売開始時期 2011年 2016年
270 cm 93 cm
重量 900 kg 350 kg
平均リード長 約10kb
精度 1本リードあたり86%
原理 SMRT®DNAシークエンシング技術(一分子リアルタイムシークエンス)
1セルあたりのシークエンス時間 30分~360分
1ランの最大セル数 8セルx2本=16セル 4セルx4トレイ=16セル
1セルあたりの反応ウェル数 15万ウェル 100万ウェル
YouTubeでSMRT®シークエンシングの特長を見る YouTubeでSequel Systemのリリース情報を見る

適用ゲノム範囲

適用ゲノム範囲

主な特長

SMRT®DNAシークエンシング技術の特長

一分子、リアルタイム解析

SMRT®DNAシークエンシング技術では、DNA合成を一分子単位でDNAポリメラーゼを使ってリアルタイムに検出します。PCR増幅不要のテンプレート調製により、GC含有量に関わらず幅広いゲノム領域で均一なシークエンス結果を得ることができます。これにより、サンプル中の頻度の低い変異も検出が可能です。リアルタイムに一分子シークエンスを行う間、DNA合成反応に関わるそれぞれのヌクレオチドのカイネティクス情報もあわせて記録します(RSIIの場合)。DNAのメチル化といったエピゲノム解析も可能です(バクテリアのメチレーション解析など)。

一分子、リアルタイム解析

これまでの常識を覆す超ロングリード

40kb以上の最大リード長、10kb以上の平均リード長が得られるケミストリーを採用しています。数千塩基レベルのリード長により、PacBioRS II/Sequel System はSNPsと大規模なゲノムの構造変化の両方を調べることが可能です。転写産物の全長を読めば,アイソフォームを同定するためにアセンブルをする必要はありません。ゲノムアセンブリにおいては、超ロングリードによりコンティグ数を大幅に減らすことができます。

一分子、リアルタイム解析

典型的なRSIIのパフォーマンス
※サンプルの種類によって性能は上下します。

99.999%以上の正確なコンセンサス配列

得られたロングリードは99.999%のコンセンサス精度を達成し、de novoアセンブリやターゲットリシークエンスに絶大な威力を発揮します。テンプレート調製にPCR増幅が必須である第二世代シークエンサーと異なり、増幅時のエラー(GCバイアス)の影響を受けません。SMRT®DNAシークエンシング技術ではシークエンシングエラーがランダムに起こるため、コンセンサス配列作成時にエラーを取り除くことが可能です。結果として99.999%以上の精度のコンセンサス配列を決定することができます。

カバレッジあたりの精度

高速なベースコール、短時間でデータ入手

毎秒数塩基ずつのポリメラーゼ反応と同時にベースコールが進行します。1セルあたりのシークエンシング反応時間は最大6時間であるため、生物学的に意味のあるデータを手に入れるために何週間もかける必要はありません。データ解析には優れた二次解析ソフトウェアが用意されており、データから知見を得るまでの時間が短縮されます。

カスタマイズ可能な実験系

お客様のサンプルにあわせて実験系をカスタマイズできます。幅広い用途に柔軟に対応できるように、複数のプロトコルをご用意しています。

簡便性

シークエンスはリアルタイムでモニターされており、PacBioRS ll / Sequel Systemの状態や結果、および実験内容はタッチスクリーンインターフェースに反映されます。使いやすいインターフェースで、データ解析や結果の閲覧ができます。

アプリケーション例

SMRT®DNAシークエンシングのアプリケーション例

完全長ゲノム配列の決定

全ゲノムショットガン法によるゲノム配列決定を試みたとき、第二世代のショートリードシークエンサーではゲノム中に散在する反復配列等がアセンブリ結果から特徴的に抜け落ちてしまい、バクテリアサイズのゲノムであっても完成させることは困難でした。しかしロングリードが得られるPacBioRS ll / Sequel Systemでは、バクテリアサイズの完全長ゲノム配列決定を数セルで行うことが可能です。最近では60kbを超えるポリメラーゼリードを得ることも難しくなく、インサート長30kbのCHM1ライブラリをP6-C4ケミストリーで読み(PacBioRS ll)、6番染色体の長腕について、ほぼ読みきったといえる109 Mbpのcontigが、2番染色体の長腕の2/3をスパンする107Mbのcontigが得られました。

CHM1ゲノムのアセンブリ結果

ゲノムバリエーションの解析

ターゲットリシークエンシング

99.999%以上の高い精度のコンセンサス配列が得られるため、変異解析に適しています。個々のDNA分子を直接読み取っていくことで、希少なSNPsや挿入欠失変異、構造変異体などのゲノムの複雑な違いを明らかにすることができます。

連続する繰り返し配列のシークエンス

数100~数1000に及ぶ短鎖繰り返し配列(たとえばCGGリピート)や、ATリッチな配列を、最少のバイアスで読み取ることが可能です。

全長cDNAシークエンシング

PacBioRS ll / Sequel Systemから得られるロングリードは、スプライシングバリアントの異なる発現遺伝子を一気にシークエンスできるので、より細かい遺伝子の分類・識別に効果を発揮します。

PacBioは、cDNA全体を読むことができるほど、長いリードを出力する。

・ヒトの遺伝子は、平均して8つのExonがある*
・転写産物の平均は、 1.5 kb ~ 5 kb
・PacBioのロングリードは、平均10 kb
→完全長cDNAをシークエンスすることも可能

ロングリードで解析すると、そこに確かに存在している1本の分子を、そのままの形でとらえることができる。

エピゲノム分野への応用 (現在はPacBio RSIIのみ)

リアルタイムに塩基を読み取る際に得られるカイネティクス情報から、塩基修飾も同時に検出することが可能です。

テンプレートの塩基が6mAのとき、
Tが結合するときのIPD (interpulse duration)は、
テンプレートがAのときに比べて5~6倍長い。
この6mAの平均IPDと、Aの平均IPDの比を取り判断する。

IPD (Inter Pulse Duration): パルスとパルスの間の時間情報(カイネティクス情報)

装置構成・ソフトウェア

PacBio RSIIのソフトウェアとデータ解析

PacBio RSⅡシークエンサー

本体
Blade Center(一次解析サーバ)
Overview of PacBio RS primary analysis

ソフトウェア

PacBio RS ll システムには第三世代シークエンサーのデータを活かすための統合的なソフトウェア・ソリューションが備わっています。

  • ラン設定からデータ解析まで完全自動。手動での調整も可能。
  • 情報学研究者だけでなく、実験研究者や医療関係者にもユーザーフレンドリーなインターフェースのデザイン。
  • 汎用性の高い出力形式: FASTA、FASTQ、SAM/BAM、VCF など。
ソフトウェアとデータ解析

PacBio RSⅡソフトウェア

RS Remote
Windowsマシン上の直感的なインターフェースで、ランをスタートするためのサンプル情報を入力できます。
RS Dashboard
Webベースで、ランのモニタリングやラン後の評価ができます。
SMRT Analysis
オープンソースの二次解析ソフトウェアです。WebベースのSMRT Portalで、配列のアライメント、アセンブリの実行および二次解析結果の閲覧ができます。コマンドラインベースのSMRTpipeで、同様の解析ができます。
Overview of PacBio RS Secondary Analysis

装置構成・ソフトウェア

Sequel Systemのソフトウェアとデータ解析

Sequel System

本体(ベースコールサーバ含む)

ソフトウェア

Sequel システムには第三世代シークエンサーのデータを活かすための統合的なソフトウェア・ソリューションが備わっています。

  • ラン設定からデータ解析まで完全自動。手動での調整も可能。
  • 情報学研究者だけでなく,実験研究者や医療関係者にもユーザーフレンドリーなインターフェースのデザイン。
  • 汎用性の高い出力形式: FASTA, FASTQ,SAM/BAM,VCF など。
ソフトウェアとデータ解析

Sequel ソフトウェア SMRT Link

SMRT Link:
サンプルセット、ランのデザイン、シークエンス後のランのQC、二次解析などがここからできます。
二次解析ソフトウェア(SMRTAnalysis v3)には、以下の新しい解析メニューが含まれます。
  • 1. 二倍体のデノボアセンブリ(HGAP4)
  • 2. これまでより精度が上がったCircular Consensus Sequence (CCS2)
  • 3. その他、アンプリコンシークエンス解析、マッピング変異解析、完全長cDNA解析など

データ解析(例)

データ解析

PacBioデータ単独でのアセンブリ (HGAP)

PacBioのロングリードだけでエラー補正からアセンブリ、Contig Polishingまでを自動で行うパイプラインをご用意しております。

Hierarchical Genome Assembly Process (HGAP)
Hierarchical Genome Assembly Process (HGAP)
  • 1. 一定以上の長さのリード(Seed Read)に、それ以下の長さのリードをマップ(マッパー:BLASR)し、エラーを補正
  • 2. 補正後の高精度ロングリード(Pre-Assembled reads)を使ってアセンブリ(アセンブラー:Celera Assembler)
  • 3. Contigに対して再度サブリードをマップして、アセンブリのエラーを補正(Quiver Polishing)

Contig Scafollding

第二世代シークエンサーのショートリードのデータで作成したContigと、PacBioのロングリードのデータを組み合わせることで、Contig同士をつなげることができます。

全長cDNAシークエンシングのデータ解析 (Iso-Seq)

転写産物の全長を読めば,アイソフォームを同定するためにリードアセンブリは必要ありません。

ショートリードシークエンサーによる解析

得られるリードが短いため、正確なisoformの再構成は困難。
ペアエンドシーケンスでは,接合部位をまたいだリードも得られる。

PacBio RSIIによる解析

完全長cDNAシークエンスリードを得ることが可能。
Splice Isoformの決定にアセンブリの必要なし。

PacBio Web Site :PacBio社のオフィシャルホームページ(論文やポスターのリンクもあります)
PacBioブログ :PacBio社マーケティングによる、オフィシャルブログ
「パックマンの挑戦」ブログ :PacBioシークエンサー関連の情報を提供する日本語ブログ
「PacBio People」ブログ :PacBioデータ解析情報を提供する日本語ブログ
Tomy Digital Biology Facebook :トミーデジタルバイオロジーのFacebook

Pacific Biosciences社が提供するDNAシークエンサーおよび試薬は研究目的のみに使用できます。
診断目的およびその手続き上での使用はできません。

一分子リアルタイムDNAシークエンサー PacBio®RS ll/Sequel™ Systemのカタログを請求する

お気軽にお問い合わせ下さい

pageTop