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Digital Biology

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Dovetail Genomics社 ゲノムアセンブリ受託サービス

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初めに

  • Dovetail Genomicsでは、Proximity Ligationを応用したゲノムアセンブリと、ヒトゲノム構造解析を行う、ゲノミクス専門の受託サービスを展開しています。
  • ゲノムアセンブリ受託サービスでは、既存のドラフトアセンブリのコンティグ同士をProximity Ligationで繋げ、数十kb~数十Mbレベル、かつ高精度なスキャフォルドを作ることが可能です。

Dovetail Genomicsのゲノムアセンブリ

  • これまでに500種類以上の生物種で実績があります。
  • Proximity Ligationにより数十kb以上の距離(Chicago™の場合)から、数十Mbの距離(Dovetail™ Hi-Cの場合)までをカバーする超ロングレンジライブラリを作成することができます。
  • シークエンスで得られたドラフトアセンブリとProximity Ligationで作成したライブラリを組み合わせて解析することで、コンティグの配列を整頓し、高精度で長いスキャフォルド配列を作成することができます。
  • 数十~数百kbレンジのライブラリを作成することができるのはDovetail GenomicsのChicago™だけ!

Chicago™とDovetail™ Hi-Cを使用してスキャフォルドが長くなった解析例

生物種 推定ゲノム
サイズ
ドラフトアセンブリ
コンティグ/スキャフォルド N50
Dovetail Chicago
スキャフォルド
N50
Dovetail Hi-C
スキャフォルド
N50
N50の伸長
コーヒー 1.2 Gb 1.85 Mb   82 Mb 44.3倍
カベルネ・
ソーヴィニョン
680 Mb 1.28 Mb   14.3 Mb 11.2倍
カシュー 490 Mb 1.05 Mb 4.3 Mb 17 Mb 16.2倍
レタス 2.3 Gb 0.476 Mb 6.51 Mb 染色体長
タマネギ 16 Gb 0.059 Mb 0.44 Mb   7.5倍
ラッコ 2.9 Gb 0.024 Mb 6.6 Mb   275倍
アリゲーター 2.16 Gb 0.081 Mb 21.5 Mb   265倍
ヤツメウナギ 851 Mb 0.924 Mb 9.4 Mb   10.2倍

ゲノムアセンブリ解析ワークフロー

3タイプのサービスとキット Chicago™/ Dovetail™ Hi-C, HiRise™

今あるドラフトアセンブリのクオリティを改善したい、短いN50をMb以上にしたい、スキャフォルドを染色体レベルの長さにしたい。
Dovetail GenomicsのChicago™とDovetail™ Hi-Cならばそれが可能です。
最新のスキャフォルド技術を使ったゲノムアセンブリで数多くの実績を持つDovetail Genomics社の受託サービスにお任せください!
お客様のニーズに合わせ、3つのサービスとキットをそろえています。

  1. 1. Chicago™受託サービス
  2. 2. Dovetail™ Hi-C受託サービス
  3. 3. Dovetail™ Hi-Cキット(+HiRise解析)

1と2では、お客様はサンプルを送付するだけで、ライブラリ作成、シークエンス、HiRiseによるスキャフォルド解析までを全て受託で行います。
3では、ご自身でライブラリ作成、シークエンスを行うことができます。Hi-Cキットには必要な試薬が含まれています。読んだシークエンスデータをDovetailサーバにアップロードし、 HiRiseによるスキャフォルド解析を行うオプションもあります。

Dovetail受託サービス・オプション

1. Chicago™アセンブリ受託サービス

含まれるサービス内容

  • サンプルQC
  • DNA抽出
  • ドラフトアセンブリQC
  • シカゴライブラリ作成
  • シカゴライブラリQC
  • シカゴライブラリシークエンス
  • HiRise™スキャフォルディング
  • 結果レポート

2. Dovetail™ Hi-C アセンブリ受託サービス

含まれるサービス内容

  • サンプルQC
  • ドラフトアセンブリQC
  • Hi-Cライブラリ作成
  • Hi-CライブラリQC
  • Hi-Cライブラリシークエンス
  • HiRise™スキャフォルディング
  • 結果レポート

3. Dovetail™ Hi-C ライブラリキット+HiRise™解析

含まれるサービス内容

  • Hi-Cライブラリ作成キット(追加オプション:HiRise™解析)
  • シークエンスはお客様が行います。
  • HiRise™解析:シークエンス後のデータをHiRise™を用いてDovetail社がスキャフォルディングし、解析レポート・アセンブル後のFASTAQファイルをご提供します。

HiRise™解析による高精度なスキャフォルディング

  • Dovetail GenomicsのHiRise™ソフトウェアによるスキャフォルディング解析では、ミスアセンブリの少ない、長いスキャフォルドを得ることができます。

各種情報

FAQ

サービス、テクノロジーについての詳細はこちらをご覧ください。

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