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Digital Biology

ホーム > 製品情報 > 【サービス】 Dovetail Genomics社 ゲノムアセンブリ受託サービス

Dovetail Genomics社 ゲノムアセンブリ受託サービス

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初めに

  • Dovetail Genomics社は、Proximity Ligationという技術を使い、ゲノム上の離れた2箇所を同一のライブラリで読む受託サービスを展開しています
  • ゲノムアセンブリでは、既存のドラフトアセンブリのコンティグ同士をつなげ、数千bp ~ 数十Mbレベルのスキャフォルド配列を作ることが可能です

染色体レベルのゲノムアセンブリ Chicago™/ Dovetail™ Hi-C, HiRise™

今あるゲノム配列を改善したいあなた。N50をメガbp以上にしたい、スキャフォルドを染色体レベルの長さに持っていきたい。
Dovetail Genomics社のChicago™技術またはDovetail™ Hi-C技術ならばそれも可能です。
最新のスキャフォルド技術を使ったDovetail™のゲノムアセンブリサービスを是非お試しください!
お客様のニーズに応えた3つのオプションをそろえています。

  1. 1. Chicago™受託サービス
  2. 2. Dovetail™ Hi-C受託サービス
  3. 3. Dovetail™ Hi-Cキット+HiRise™解析

注意:1.と2.は、お客様はサンプルを送付するだけで、実験、シークエンス、解析までを全て受託で行います。3.はHi-Cキットを購入し、ご自身でライブラリを作成、シークエンスを行います。読んだシークエンスデータはDovetailサーバにアップロード後、HiRise™解析されます。

Dovetail社のProximity Ligation技術は

  • ショットガンシークエンスで得られたドラフトアセンブリ後のコンティグ配列と合わせて解析し、スキャフォルド配列を飛躍的に伸ばすことが目的です
  • これまで400種類以上の生物種で実績があります
  • ペアエンドライブラリ、メイトペアライブラリとは全く異なる方法でライブラリを作製し、100kb以上の距離(Chicago™の場合)または数十Mbの距離(Dovetail™ Hi-Cの場合)をカバーすることが可能です
  • これによりゲノムアセンブリの結果を一層向上させることができます

Chicago™またはDovetail™ Hi-Cを使用してスキャフォルドが長くなった例

生物種 想定ゲノム
サイズ
ドラフトアセンブリ
コンティグ/スキャフォルド N50
Chicago™
スキャフォルド
N50結果
Dovetail™ Hi-C
スキャフォルド
N50結果
N50の伸長
コーヒー 1.2 Gb 1.85 Mb   82 Mb 44.3倍
カベルネ・
ソーヴィニョン
680 Mb 1.28 Mb   14.3 Mb 11.2倍
カシュー 490 Mb 1.05 Mb 4.3 Mb 17 Mb 16.2倍
レタス 2.3 Gb 0.476 Mb 6.51 Mb 染色体長
タマネギ 16 Gb 0.059 Mb 0.44 Mb   7.5倍
ラッコ 2.9 Gb 0.024 Mb 6.6 Mb   275倍
アリゲーター 2.16 Gb 0.081 Mb 21.5 Mb   265倍
ヤツメウナギ 851 Mb 0.924 Mb 9.4 Mb   10.2倍

Dovetail 受託解析パイプライン

HiRise™による高精度なスキャフォルディング

  • Dovetail社製アセンブラー: HiRise™利用
  • エラーが少なく連続性が高いScaffoldが得られます

Dovetail受託サービス・オプション

  • Dovetail Genomics社の受託サービスはどれもProximity Ligation技術を応用したものです
  • ゲノムアセンブリ受託は、ドラフトアセンブリN50の長さにより、Chicago™ライブラリとDovetail™ Hi-Cライブラリのオプションに分かれます

1. Chicago™アセンブリ受託サービス

含まれるサービス内容

  • サンプルQC
  • DNA抽出
  • ドラフトアセンブリQC
  • シカゴライブラリ作製
  • シカゴライブラリQC
  • シカゴライブラリシークエンス
  • HiRise™スキャフォルディング
  • 結果レポート

2. Dovetail™ Hi-C アセンブリ受託サービス

含まれるサービス内容

  • サンプルQC
  • ドラフトアセンブリQC
  • Hi-Cライブラリ作製
  • Hi-CライブラリQC
  • Hi-Cライブラリシークエンス
  • HiRise™スキャフォルディング
  • 結果レポート

3. Dovetail™ Hi-C ライブラリキット+HiRise™解析

含まれるサービス内容

  • Hi-Cライブラリ作製キット(キット単品販売あり)
  • HiRise™スキャフォルディング解析
  • シークエンスはお客様が行います
  • HiRise™解析:シークエンス後のデータをアセンブル解析ツール(HiRise™ソフトウェア)にてDovetail社でScaffoldingし、解析レポート・アセンブル後のFASTAQファイルをご提供

FAQ

サービスについて、テクノロジーについての詳細はこちらをご覧下さい。

FAQ(よくあるご質問)へ

各種情報

  • シカゴメソッドおよびHiRise™の論文

    Putnam et al., (2016) Chromosome-scale shotgun assembly using an in vitro method for long-range linkage. Genome Res. 26, 3. 342.

  • Dovetail Genomics社ウェブサイト

    https://dovetailgenomics.com/

  • ケーススタディ

    PLANT/ANIMAL:https://dovetailgenomics.com/plant-animal/

  • 納品レポート例

    お問い合わせ下さい。

  • アプリケーション:ヒトゲノム大型構造解析の検出 Fix-C™/ Dovetail™ Hi-C, Selva™

    https://dovetailgenomics.com/human/
    ご興味のある方はお問い合わせ下さい

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