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ホーム > 製品情報 > 【試薬・消耗品】 NGSライブラリ調製関連キット Shoreline Biome

NGSライブラリ調製関連キット Shoreline Biome

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メタ16S解析研究を困難にしている要素の一つに、gDNA抽出法が微生物種情報の取得にバイアスをもたらす点が挙げられます。あなたも知らない間に、興味深い研究対象を見逃しているかもしれません。Shoreline Biome社はBead Beatingのような煩わしい手順を踏まずに、グラム陽性フィルミクテス門の微生物由来gDNAも効率よく抽出し、ターゲット部位の増幅までが可能なキットを提供します。Illumina®シークエンサー、PacBio®シークエンサーに対応しています。

「何が溶解できていないのか?」をうかがい知るのは難しい
興味深いサンプルをシークエンスした結果、何かを見落としているかも。と思いいたる研究者は少ないのかもしれません。Shoreline Biome社はそのような不安を払拭することができる画期的なキットを提供します。強靭な微生物を破壊し、最適なPCRプライマーと条件により対象を効率よく増幅するのみならず、シークエンス後の解析ツールまで提供します。(StrainID kitの場合)

「高スループット解析」を簡単に
Shoreline Biome社が提供するキットは、微生物サンプル処理に当たって最低限のハンドリングしか必要としません。たとえオートメーションシステムがなくても、一人のスタッフが96以上のサンプルを無理なくプロセスできるように考えられています。一気に大量シークエンスできることは、実験コスト削減と研究の効率化に貢献します。

Shoreline Complete™ 商品概要

PacBioシークエンサー用ロングアンプリコン調製キット

溶解バッファーに検体を添加して加熱するだけの簡単な細胞溶解と、引き続くgDNA精製を、まずはお試しください。

キット付属の16S ribosomal RNA geneの可変領域を対象としたPCR試薬により、PacBioシークエンスに適したロングアンプリコンを得ることができます。目的により2種類の増幅レンジ(V1-V9あるいはStrain ID)がお選びいただけます。

引き続き、ご自身でSMRTbellを調製してください(キットに含まれておりません)。シークエンスにより得られた生リードは、SMRT LinkでCCSにします。 PacBio® Sequel / Sequel II システムの受託解析に関するご相談

全体CCSは専用の解析環境(SBanalyzer)に供して、検体ごとの情報に振り分けます。株レベルの情報を得るためには、専用のAthenaデータベースを利用します。

■選べる2種類の対象領域

一般的なV1-V9全長を対象としたキットでは、約1500bpのアンプリコンからSpecies/Strainレベルの結果が得られます。解析にはShoreline Biome社独自のAthenaデータベース、あるいはお好みのデータベースがご利用いただけます。
V1-V9全長とさらにITS領域および23S遺伝子の一部が含まれるキット(Strain IDキット)では、約2500bpのアンプリコンを得ることができます。Strainレベルの結果を得るためには、独自のAthenaデータベースをご利用ください。

※Athenaデータベースには18,566 genomes,77,212 regionsの情報が登録されており,キット購入者は無償で利用することができます。

※SBanalyzerおよびAthenaデータベースをご利用になるには,キットご購入時にライセンス使用許諾契約書への署名が必要です。

illuminaシークエンサー用ライブラリ調製キット

溶解バッファーに検体を添加して加熱するだけの簡単な細胞溶解と、引き続くgDNA精製を、まずはお試しください。

キット付属の16S ribosomal RNA geneの可変領域(V1-3あるいはV4)を対象としたPCR試薬により、増幅を行います。本キットでは独自のsingle step PCRにより、そのままライブラリとして機能するアンプリコンを得ることができます。

シークエンスにより得られた生リードは,お好みの手法・データベースにより解析を行ってください。

■選べる2種類の対象領域

V1-V3領域を対象としたキットでは,526bpのアンプリコンからGenusレベルの結果が得られます。V4領域を対象としたキットでは,254bpのアンプリコンからPhylumレベルの結果が得られます。

Shoreline Complete™ パフォーマンス

■フィルミテクス門の微生物も効率よく抽出(illumina)

5人のfecalサンプルを2種類のgDNA法に供し(本キットSLB、およびQ社のBead Beating法)、得られた門レベルのシークエンス分類が全体に占める割合を評価しました。本キットの使用によりフィルミテクス門の微生物()でも効率よく抽出できたことが示されました。

■アンプリコンで株レベルの分類が可能(PacBio,Strain ID)

院内感染菌の一種として知られているClostridium difficileですが、データベース情報の限界からRDPやSILVAでは高レベルの解析は不可能です(■)。同じStrain IDキット由来のアンプリコンデータをオリジナルのAthenaデータベースで解析すれば、株レベルの解析が可能です。

FAQ

よくあるご質問はこちらをご覧ください。

FAQ(よくあるご質問)へ

研究用にのみ使用できます。診断目的およびその手続き上での使用はできません。

同社のロゴはおよびShoreline Complete、Sbanalyzer、AthenaはSHORELINE BIOME社の商標です。その他全ての商標はそれぞれの所有者に帰属します。

※キット詳細およびコンパニオン消耗品については,お問い合わせください。

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