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Digital Biology

ホーム > 製品情報 > 【ソフトウェア】 FCSデータ解析・共有ソフトウェア「Cytobank」

FCSデータ解析・共有ソフトウェア「Cytobank」

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Cytobankとは

Cytobankは、サーバー上でFCSファイルの共有や、解析を行うことの出来るクラウドソフトウェアです。
このソフトはフローサイトメトリーのデータ解析を快適に進めるためのツールとして、Stanford 大学のギャリー・ノーラン博士の研究室で開発されました。

エンタープライズエディションは、米国製薬企業ならびにスタンフォード大学、ハーバード大学、カリフォルニア大学サンフランシスコ校を含む一流の研究機関で採用されています。

Feature of Cytobank

特長

FCSデータの信頼性について議論するときや実験を次のステップに進めたいときに重要なのは【データのシェア】です。
サイトメトリーのFCSデータをサーバへアップロード、クラウドで解析します。

アップロードした生データや解析結果は、共同研究者とシェアすることができます。他のアプリケーションで作成したファイルもアップロード&シェアすることができるので、Cytobankはあらゆるフローサイトメトリーデータを一元管理することが可能です。さらにMass cytometryデータの解析、SPADE解析、薬剤応答解析機能など最新の解析手法をご利用いただけます。

サイトメトリーデータ 最新の解析手法紹介

データ解析ツール

SPADE解析

SPADE(Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events)解析とは、表現形の似た細胞同士をクラスタリングし、階層的なツリー状に展開する表示方法です。
ダウンサンプリングを行うことで、多重染色したサンプルの希少な細胞集団を埋没させること無く表示、解析することが可能です。

参考文献: Extracting a cellular hierarchy from high-dimensional cytometry data with SPADE. Qiu P, et al. Nat Biotechnol (2011) 29(10):886-91 PMID: 21964415

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viSNE解析

viSNE解析とは、多パラメータのデータを2次元で表示する解析方法です。多パラメータ情報を視覚的に認識しやすくし、生物学的に意味のある希少な細胞群を捕らえやすくするだけでなく、異なるサンプル間に共通するシングルセルでの現象をゲーティングすることも可能です。

参考文献: viSNE enables visualization of high dimensional single-cell data and reveals phenotypic heterogeneity of leukemia. Amir el-AD et al. Nat Biotechnol (2013) 31(6):545-52. PMID: 23685480

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Heatmap_ヒートマップ

各サンプルの測定結果をカラーチャートで並列表示する方法です。
フローサイトメトリーにおいて、様々な実験条件下での多サンプルの動態を比較したい場合や、多検体の測定結果を包括的に確認したいときにはヒートマップ表示が最適です。
Cytobank上ではヒートマップ作成後に各スクエアにカーソルを合わせるだけで、そのドットプロットを確認することができます。

参考文献: Web-based analysis and publication of flow cytometry experiments. Kotecha N, Krutzik PO, Irish JM. Current Protocols in Cytometry. 2010. 53:10.17.1–10.17.24. PMID: 20578106

Data Protection

データの機密保護について

アップロードされたデータは強固なセキュリティで保護されています。

・サイトバンクアプリケーションとの全ての通信はSSL/HTTPS経由で行われます。このシステムは金融機関で利用されているのと同様のセキュリティです。
・サイトバンクサーバは、サイトバンク運営チームのみがサーバーにルートアクセス可能です。
・サイトバンク上の全てのデータは、ユーザー自身が他のユーザーと共有する設定をしない限り常に保護されています。
・エンタープライズエディションの個々のサイトバンクは、完全に他のサイトバンクと独立しています。管理者は利用前に全てのアカウントの検証を要求することが可能です。

ライセンス形態

ライセンス形態

Premium Cytobank 基本機能(データアップロード、基本的解析、結果出力、データシェア)に加え、SPADE解析やviSNE解析と言った最新の解析手法をお使いいただけます。
Enterprise Cytobank Cytobankの全機能をお使いいただくことが出来るうえ、専用クラウドサーバーの設置により、組織全体での使用に適したライセンスです。

お使いいただける機能比較

  Premium Enterprise
ライセンス数 1~ 10~
データアップロード、保存
基本解析、結果出力
データのシェア
Secure HTTPS
SPADE解析
viSNE解析
プレートベース解析
専用サーバーの設置  
アクセス管理者権限の設置  

30日間の無料トライアル申込み

※各ライセンス形態間でのデータ移行は出来ません。

動作環境

Cytobankの動作環境

OSWindows XP以降、Mac OS X 10.3以降
ブラウザFirefox、Chrome、Safari (最新Version推奨)

※Internet ExplorerではSPADEなど一部機能が動作しません。

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